Where and how to define the `data_proxy` interface
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 25/100
- Tipo di issue
- Refactoring
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- backend-api-design
Direzione di ricerca
Inizia leggendo src/ga4gh/vrs/dataproxy.py e confrontando la sua interfaccia copiata con l’API di SeqRepo e il comportamento menzionato di refget. Determina se l’interfaccia debba essere centralizzata o rimanere in VRS Python, inclusi i requisiti per la ricerca degli alias e i confini delle dipendenze. Il lavoro è completato quando il progetto dispone di una posizione concordata per l’interfaccia e di una relazione documentata tra VRS Python e SeqRepo.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
https://github.com/ga4gh/vrs-python/blob/main/src/ga4gh/vrs/dataproxy.py (always a tell when the code references "VR" and not "VRS")
Most of this is copy-pasted from SeqRepo. This seems less than ideal, but I think we probably didn't want to depend on SeqRepo for the dataproxy if it could be avoided.
- Is that still necessary? Can't we install SeqRepo and just use some of the API library, not the actual data?
What about refget? It looks... a lot like the dataproxy API, and it's a GA4GH thing. Can we just define a refget API? Seqrepo-rest-server already provides refget output IIRCfrom what I hear refget is missing something that we expect from the dataproxy regarding alias lookup- Can we just define it once in a central location and have both SeqRepo and VRS Python import it?
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 64
- Fork
- 44
- Merge medio
- 4g 4h
- PR unite (30g)
- 8
Preparare l'ambiente
Avvia il container di sviluppo del progetto nel browser, con il tuo account GitHub.
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- Nessuna guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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