Create VcfReader class or standalone function which takes INFO key-value pairs and reconstructs VRS Alleles
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia esaminando come vengono prodotte le annotazioni VCF INFO e come sono rappresentati gli oggetti VRS Allele. Confronta gli approcci VcfReader e standalone-function, incluso il comportamento del generatore di record di pysam. Il lavoro è completato quando i record annotati ricostruiscono i propri alleli e l’input non annotato fallisce in modo chiaro.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
We let people annotate VCFs with info we claim is enough to reconstruct the VRS Alleles for each record, but we don't provide the code to do that.
Providing this would be useful to users, would prove that the annotations do work, and would be useful in testing.
If we go the VcfReader route we should provide a generator interface over the records which returns the original pysam records, along with the list of VRS Allele objects constructed from the annotations.
If the input is not already annotated, it should fail.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 63
- Fork
- 43
- Merge medio
- 1h 2m
- PR unite (30g)
- 1
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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