ga4gh/vrs-python

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GA4GH Variation Representation Python Implementation

Étoiles: 63
Forks: 43
Issues débutants ouvertes: 2
Issues indexées: 68
Merge moyen: 1 h 2 min
PR mergées (30 j): 1

Langage dominant: Python
Licence: Apache-2.0
Dernier push GitHub: 14/8/2026
Dernière indexation: 16/9/2026
Guide de contribution: Aucun guide de contribution
Code de conduite: Aucun code de conduite
Labels débutants: Aucun label débutant indexé

Accessible aux débutants Tout

Ouverte Toutes

Update to `pysam>=0.24.0` Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 68/100

ga4gh/vrs-python#653 · 2 réactions · Ouverte le 1/9/2026
Update models to reflect new gkm-core and vrs minor releases Ouverte

enhancement

ga4gh/vrs-python#651 · 1 commentaire · 1 personne assignée · Ouverte le 1/9/2026
Add Relative Allele Normalization Ouverte

ga4gh/vrs-python#641 · 1 personne assignée · Ouverte le 16/7/2026
Add Adjacency Normalization Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

ga4gh/vrs-python#640 · Ouverte le 16/7/2026
Add support for switching RLE subunit between largest and smallest Ouverte

ga4gh/vrs-python#637 · 1 commentaire · 1 personne assignée · Ouverte le 5/6/2026
Support to_hgvs for protein variants Ouverte

enhancement priority:low

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 52/100

ga4gh/vrs-python#633 · 1 commentaire · Ouverte le 30/4/2026
`HgvsTools.is_intronic` misses intronic `r.` (RNA) variants Ouverte

bug v3

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 58/100

ga4gh/vrs-python#628 · 1 commentaire · Ouverte le 17/4/2026
Add Adjacency Translator Ouverte

enhancement

ga4gh/vrs-python#627 · 1 personne assignée · Ouverte le 17/4/2026
Replace `DataProxy.get_metadata` with `get_length` and `get_aliases` Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

ga4gh/vrs-python#624 · 4 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 14/4/2026
Rename translate from/to Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

ga4gh/vrs-python#623 · 1 commentaire · Ouverte le 13/4/2026
Translator should support HGVS splice variants Ouverte

ga4gh/vrs-python#612 · 1 personne assignée · Ouverte le 3/2/2026
Add translator support for uncertain range HGVS expressions Ouverte

ga4gh/vrs-python#609 · 1 personne assignée · Ouverte le 23/1/2026
Subclass of AbstractVcfAnnotator can decide to abort annotation Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

ga4gh/vrs-python#605 · Ouverte le 2/1/2026
Investigate integrating with DuckDB/Object storage vs. postgres requirement Ouverte

v3

ga4gh/vrs-python#600 · 1 commentaire · 1 personne assignée · Ouverte le 17/12/2025
Integrate seqrepo builds from github actions to vrs-in-a-box Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

ga4gh/vrs-python#599 · Ouverte le 17/12/2025
RLE_SEQ_LIMIT should be configurable Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

ga4gh/vrs-python#598 · 1 réaction · Ouverte le 15/12/2025
Add a function to recursively add IDs to a VRS object and every contained identifiable object Ouverte

enhancement

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 38/100

ga4gh/vrs-python#596 · 2 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 4/12/2025
Create VcfReader class or standalone function which takes INFO key-value pairs and reconstructs VRS Alleles Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

ga4gh/vrs-python#595 · 1 commentaire · 1 réaction · Ouverte le 3/12/2025
hgvs to vrs conversion fails with repeat sequence notation Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 42/100

ga4gh/vrs-python#582 · 1 commentaire · Ouverte le 18/9/2025
Upgrade to hgvs 2.0.0a0 Ouverte

build v3

ga4gh/vrs-python#579 · 2 commentaires · 1 réaction · 1 personne assignée · Ouverte le 15/8/2025
Add additional input/output methods to the `vrs-annotate` CLI Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

ga4gh/vrs-python#572 · 1 commentaire · Ouverte le 24/7/2025
Add VRS annotator example workflows Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 38/100

ga4gh/vrs-python#571 · 2 commentaires · Ouverte le 23/7/2025
Set up docker builds and publishing to `ga4gh` dockerhub namespace Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 20/100

ga4gh/vrs-python#570 · 2 commentaires · Ouverte le 23/7/2025
VCF annotator should have additional options/behavior in case where input already has annotations Ouverte

VCF annotator

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

ga4gh/vrs-python#557 · Ouverte le 25/6/2025
Replace ndjson with jsonl Ouverte

enhancement

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 45/100

ga4gh/vrs-python#554 · 4 commentaires · Ouverte le 5/6/2025
Create a bioconda::vrs-python package Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

ga4gh/vrs-python#553 · 2 commentaires · Ouverte le 28/5/2025
Make vrs-python usable for genomic variant normalization without installing postgresql dependencies Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

ga4gh/vrs-python#551 · 3 commentaires · Ouverte le 23/4/2025
Make a RefgetDataProxy Ouverte

v3

ga4gh/vrs-python#550 · 2 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 18/4/2025
Add hosted docs Ouverte

documentation priority:high

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

ga4gh/vrs-python#548 · 2 commentaires · Ouverte le 16/4/2025
Streamline VCF annotator ABC definition Ouverte

VCF annotator

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

ga4gh/vrs-python#546 · Ouverte le 14/4/2025
Change seqrepo dataproxy env vars to all use SEQREPO_DATAPROXY_URI Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 78/100

ga4gh/vrs-python#540 · 8 commentaires · Ouverte le 9/4/2025
Add issue templates Ouverte

chore priority:medium

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 45/100

ga4gh/vrs-python#538 · 1 commentaire · Ouverte le 4/4/2025
Support MAF ingestion/annotation Ouverte

priority:low

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

ga4gh/vrs-python#512 · 2 commentaires · Ouverte le 1/3/2025
Input type issues in using `Translator` to translate from VRS Ouverte

bug VRS translator

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100

ga4gh/vrs-python#489 · 2 commentaires · Ouverte le 3/2/2025
Fix `HgvsTools.close()` Ouverte

VRS translator

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

ga4gh/vrs-python#488 · 2 commentaires · Ouverte le 3/2/2025
`translator` to/from methods should be public Ouverte

VRS translator

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 42/100

ga4gh/vrs-python#481 · 1 commentaire · 1 réaction · Ouverte le 30/1/2025
Decouple `test_cnv_translator` and `test_allele_translator` Ouverte

test VRS translator

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

ga4gh/vrs-python#479 · 5 commentaires · Ouverte le 30/1/2025
Add `expressions` in AlleleTranslator and CnvTranslator `_from*` methods Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

ga4gh/vrs-python#478 · 4 commentaires · 2 réactions · Ouverte le 30/1/2025
Require python >= 3.11 Ouverte

build priority:low

ga4gh/vrs-python#477 · 6 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 25/1/2025
Translator API/misc improvements Ouverte

enhancement VRS translator

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 30/100

ga4gh/vrs-python#475 · 2 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 24/12/2024
Remove `ga4gh:` prefix from VCF annotations? Ouverte

enhancement question VCF annotator

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 30/100

ga4gh/vrs-python#470 · 5 commentaires · Ouverte le 9/12/2024
Provide maturity annotation for classes and fields Ouverte

enhancement

ga4gh/vrs-python#466 · 1 personne assignée · Ouverte le 15/11/2024
Bug in the developer installation instructions Ouverte

documentation Product Review

Difficulté 1/5 Moins d'une heure Accessibilité débutants 55/100

ga4gh/vrs-python#457 · 2 commentaires · Ouverte le 31/10/2024
`ga4gh_identify` adds `digest` properties in-place regardless of `in_place` argument Ouverte

bug question

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

ga4gh/vrs-python#440 · 2 commentaires · Ouverte le 25/7/2024
setup a list of unique variant examples for the basis of testing Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

ga4gh/vrs-python#437 · 2 commentaires · Ouverte le 18/7/2024
Provide way to stop normalization if the expression is obviously problematic (such as deletions in large gap/unknown regions) Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

ga4gh/vrs-python#397 · 5 commentaires · Ouverte le 11/4/2024
Where and how to define the `data_proxy` interface Ouverte

2.0-alpha technical debt

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

ga4gh/vrs-python#390 · 6 commentaires · Ouverte le 10/4/2024
Redefine extra dependency groups Ouverte

2.0-alpha technical debt

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

ga4gh/vrs-python#389 · 6 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 10/4/2024
Add hgvs parsing support for `Range` based SequenceLocations Ouverte

enhancement priority:high VRS translator

ga4gh/vrs-python#381 · 5 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 3/4/2024
hgvs to vrs is returning valid results when hgvs has `IncorrectReferenceAllele` Ouverte

bug priority:high VRS translator

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

ga4gh/vrs-python#364 · 2 commentaires · Ouverte le 15/3/2024

ga4gh/vrs-python

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