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Input type issues in using `Translator` to translate from VRS

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
48/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Tranquilla
Stack tecnologico
python
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

Inizia con src/ga4gh/vrs/extras/translator.py intorno alle righe 125-135, dove il translator applica il subscript ai modelli e fallisce. Confronta la gestione dell'input utilizzata dagli altri translators, quindi stabilisci se l'input VRS debba essere sempre un oggetto JSON serializzato o un'altra forma documentata. Il lavoro è completato quando il contratto di input scelto funziona senza l'errore module-subscript ed è coerente con gli altri translators.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

bug VRS translator

This code here tries to subscript into models, which is a module, on line 132. This obviously leads to an error:

https://github.com/ga4gh/vrs-python/blob/f38cbca9a4bd7142280149eeea051ddc9c628934/src/ga4gh/vrs/extras/translator.py#L125-L135

I think a bigger problem is inconsistency about expected inputs. The other translators take variant expressions as strings, but translating from VRS seems to try to handle either dicts or Pydantic objects (realistically, probably actually PythonJsonSchemaObjects, not Pydantic). I think it'd be better to maybe expect input to be a JSON object serialized into a string, just to remain consistent and avoid these kinds of issues.

Lingua principale
Python
Stelle
63
Fork
43
Merge medio
1h 2m
PR unite (30g)
1

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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