Input type issues in using `Translator` to translate from VRS
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 48/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Tranquilla
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia con src/ga4gh/vrs/extras/translator.py intorno alle righe 125-135, dove il translator applica il subscript ai modelli e fallisce. Confronta la gestione dell'input utilizzata dagli altri translators, quindi stabilisci se l'input VRS debba essere sempre un oggetto JSON serializzato o un'altra forma documentata. Il lavoro è completato quando il contratto di input scelto funziona senza l'errore module-subscript ed è coerente con gli altri translators.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
This code here tries to subscript into models, which is a module, on line 132. This obviously leads to an error:
I think a bigger problem is inconsistency about expected inputs. The other translators take variant expressions as strings, but translating from VRS seems to try to handle either dicts or Pydantic objects (realistically, probably actually PythonJsonSchemaObjects, not Pydantic). I think it'd be better to maybe expect input to be a JSON object serialized into a string, just to remain consistent and avoid these kinds of issues.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 63
- Fork
- 43
- Merge medio
- 1h 2m
- PR unite (30g)
- 1
Preparare l'ambiente
Non abbiamo ancora controllato i file di configurazione di questo progetto. Parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Altre issue di ga4gh/vrs-python
-
Update to `pysam>=0.24.0`Aperta
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100
ga4gh/vrs-python#653 · 2 reazioni ·
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
ga4gh/vrs-python#540 · 8 commenti ·
-
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100
ga4gh/vrs-python#659 ·
-
Update models to reflect new gkm-core and vrs minor releasesForse di nuovo libera @korikuzma l’ha presa 28 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Apertaenhancement
ga4gh/vrs-python#651 · 1 commento · 1 assegnatario ·
-
Add Relative Allele NormalizationForse di nuovo libera @korikuzma l’ha presa 74 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
ga4gh/vrs-python#641 · 1 assegnatario ·
Tutte le issue di ga4gh/vrs-python
Issue simili
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 84/100
PedestrianDynamics/pyFDS-Evac#343 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 88/100
theskumar/python-dotenv#708 ·
-
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 88/100
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
-
Docs Timedelta
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
pandas-dev/pandas#69919 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
API documentation
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
zephyrproject-rtos/west#1009 · 2 commenti ·
I maintainer di solito rispondono entro 3 giorni