VCF annotator should have additional options/behavior in case where input already has annotations
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 25/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Iniziare dal comportamento attuale di VCF annotator ed esaminare lo schema iniziale in pull request #556. Chiarire se validator mode, updater mode o entrambi rientrano nell’ambito, comprese le aspettative relative a errori/logging e output. Il lavoro è completato quando il comportamento scelto è definito per i VCFs già annotati e coperto da test appropriati.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Currently, the VCF annotator errors out if you give it a VCF that has already been annotated. Not sure this is preferred behavior.
This isn't super concrete, but some broad ideas from 2025-06-25 call
- "validator mode" -- walk through the VCF and raise error or log for any cases where the computed ID is different
- "updater mode" -- recompute + write a new VCF (ideally update in place but that may be more difficult). Initial sketch of this in https://github.com/ga4gh/vrs-python/pull/556
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 63
- Fork
- 43
- Merge medio
- 1h 2m
- PR unite (30g)
- 1
Preparare l'ambiente
Non abbiamo ancora controllato i file di configurazione di questo progetto. Parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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