ga4gh/vrs-python

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GA4GH Variation Representation Python Implementation

Estrellas: 63
Forks: 43
Issues abiertos para principiantes: 2
Issues indexados: 68
Merge medio: 1 h 2 min
PR fusionados (30 d): 1

Lenguaje dominante: Python
Licencia: Apache-2.0
Último push a GitHub: 14/8/2026
Última indexación: 16/9/2026
Guía de contribución: Sin guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Update to `pysam>=0.24.0` Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

ga4gh/vrs-python#653 · 2 reacciones · Abierto el 1/9/2026
Update models to reflect new gkm-core and vrs minor releases Abierto

enhancement

ga4gh/vrs-python#651 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 1/9/2026
Add Relative Allele Normalization Abierto

ga4gh/vrs-python#641 · 1 asignado · Abierto el 16/7/2026
Add Adjacency Normalization Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

ga4gh/vrs-python#640 · Abierto el 16/7/2026
Add support for switching RLE subunit between largest and smallest Abierto

ga4gh/vrs-python#637 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 5/6/2026
Support to_hgvs for protein variants Abierto

enhancement priority:low

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

ga4gh/vrs-python#633 · 1 comentario · Abierto el 30/4/2026
`HgvsTools.is_intronic` misses intronic `r.` (RNA) variants Abierto

bug v3

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 58/100

ga4gh/vrs-python#628 · 1 comentario · Abierto el 17/4/2026
Add Adjacency Translator Abierto

enhancement

ga4gh/vrs-python#627 · 1 asignado · Abierto el 17/4/2026
Replace `DataProxy.get_metadata` with `get_length` and `get_aliases` Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

ga4gh/vrs-python#624 · 4 comentarios · 1 reacción · Abierto el 14/4/2026
Rename translate from/to Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

ga4gh/vrs-python#623 · 1 comentario · Abierto el 13/4/2026
Translator should support HGVS splice variants Abierto

ga4gh/vrs-python#612 · 1 asignado · Abierto el 3/2/2026
Add translator support for uncertain range HGVS expressions Abierto

ga4gh/vrs-python#609 · 1 asignado · Abierto el 23/1/2026
Subclass of AbstractVcfAnnotator can decide to abort annotation Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

ga4gh/vrs-python#605 · Abierto el 2/1/2026
Investigate integrating with DuckDB/Object storage vs. postgres requirement Abierto

v3

ga4gh/vrs-python#600 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 17/12/2025
Integrate seqrepo builds from github actions to vrs-in-a-box Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

ga4gh/vrs-python#599 · Abierto el 17/12/2025
RLE_SEQ_LIMIT should be configurable Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

ga4gh/vrs-python#598 · 1 reacción · Abierto el 15/12/2025
Add a function to recursively add IDs to a VRS object and every contained identifiable object Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

ga4gh/vrs-python#596 · 2 comentarios · 1 reacción · Abierto el 4/12/2025
Create VcfReader class or standalone function which takes INFO key-value pairs and reconstructs VRS Alleles Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

ga4gh/vrs-python#595 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 3/12/2025
hgvs to vrs conversion fails with repeat sequence notation Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

ga4gh/vrs-python#582 · 1 comentario · Abierto el 18/9/2025
Upgrade to hgvs 2.0.0a0 Abierto

build v3

ga4gh/vrs-python#579 · 2 comentarios · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 15/8/2025
Add additional input/output methods to the `vrs-annotate` CLI Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

ga4gh/vrs-python#572 · 1 comentario · Abierto el 24/7/2025
Add VRS annotator example workflows Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 38/100

ga4gh/vrs-python#571 · 2 comentarios · Abierto el 23/7/2025
Set up docker builds and publishing to `ga4gh` dockerhub namespace Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

ga4gh/vrs-python#570 · 2 comentarios · Abierto el 23/7/2025
VCF annotator should have additional options/behavior in case where input already has annotations Abierto

VCF annotator

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

ga4gh/vrs-python#557 · Abierto el 25/6/2025
Replace ndjson with jsonl Abierto

enhancement

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

ga4gh/vrs-python#554 · 4 comentarios · Abierto el 5/6/2025
Create a bioconda::vrs-python package Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

ga4gh/vrs-python#553 · 2 comentarios · Abierto el 28/5/2025
Make vrs-python usable for genomic variant normalization without installing postgresql dependencies Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

ga4gh/vrs-python#551 · 3 comentarios · Abierto el 23/4/2025
Make a RefgetDataProxy Abierto

v3

ga4gh/vrs-python#550 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 18/4/2025
Add hosted docs Abierto

documentation priority:high

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

ga4gh/vrs-python#548 · 2 comentarios · Abierto el 16/4/2025
Streamline VCF annotator ABC definition Abierto

VCF annotator

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

ga4gh/vrs-python#546 · Abierto el 14/4/2025
Change seqrepo dataproxy env vars to all use SEQREPO_DATAPROXY_URI Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

ga4gh/vrs-python#540 · 8 comentarios · Abierto el 9/4/2025
Add issue templates Abierto

chore priority:medium

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

ga4gh/vrs-python#538 · 1 comentario · Abierto el 4/4/2025
Support MAF ingestion/annotation Abierto

priority:low

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

ga4gh/vrs-python#512 · 2 comentarios · Abierto el 1/3/2025
Input type issues in using `Translator` to translate from VRS Abierto

bug VRS translator

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

ga4gh/vrs-python#489 · 2 comentarios · Abierto el 3/2/2025
Fix `HgvsTools.close()` Abierto

VRS translator

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

ga4gh/vrs-python#488 · 2 comentarios · Abierto el 3/2/2025
`translator` to/from methods should be public Abierto

VRS translator

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

ga4gh/vrs-python#481 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 30/1/2025
Decouple `test_cnv_translator` and `test_allele_translator` Abierto

test VRS translator

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

ga4gh/vrs-python#479 · 5 comentarios · Abierto el 30/1/2025
Add `expressions` in AlleleTranslator and CnvTranslator `_from*` methods Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

ga4gh/vrs-python#478 · 4 comentarios · 2 reacciones · Abierto el 30/1/2025
Require python >= 3.11 Abierto

build priority:low

ga4gh/vrs-python#477 · 6 comentarios · 1 asignado · Abierto el 25/1/2025
Translator API/misc improvements Abierto

enhancement VRS translator

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

ga4gh/vrs-python#475 · 2 comentarios · 1 reacción · Abierto el 24/12/2024
Remove `ga4gh:` prefix from VCF annotations? Abierto

enhancement question VCF annotator

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

ga4gh/vrs-python#470 · 5 comentarios · Abierto el 9/12/2024
Provide maturity annotation for classes and fields Abierto

enhancement

ga4gh/vrs-python#466 · 1 asignado · Abierto el 15/11/2024
Bug in the developer installation instructions Abierto

documentation Product Review

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 55/100

ga4gh/vrs-python#457 · 2 comentarios · Abierto el 31/10/2024
`ga4gh_identify` adds `digest` properties in-place regardless of `in_place` argument Abierto

bug question

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

ga4gh/vrs-python#440 · 2 comentarios · Abierto el 25/7/2024
setup a list of unique variant examples for the basis of testing Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

ga4gh/vrs-python#437 · 2 comentarios · Abierto el 18/7/2024
Provide way to stop normalization if the expression is obviously problematic (such as deletions in large gap/unknown regions) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

ga4gh/vrs-python#397 · 5 comentarios · Abierto el 11/4/2024
Where and how to define the `data_proxy` interface Abierto

2.0-alpha technical debt

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

ga4gh/vrs-python#390 · 6 comentarios · Abierto el 10/4/2024
Redefine extra dependency groups Abierto

2.0-alpha technical debt

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

ga4gh/vrs-python#389 · 6 comentarios · 1 reacción · Abierto el 10/4/2024
Add hgvs parsing support for `Range` based SequenceLocations Abierto

enhancement priority:high VRS translator

ga4gh/vrs-python#381 · 5 comentarios · 1 asignado · Abierto el 3/4/2024
hgvs to vrs is returning valid results when hgvs has `IncorrectReferenceAllele` Abierto

bug priority:high VRS translator

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

ga4gh/vrs-python#364 · 2 comentarios · Abierto el 15/3/2024

ga4gh/vrs-python

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