readVcf does not recognize my vcf file?
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Évaluation
- Difficulté
- 3/5
- Temps estimé
- 1-2 jours
- Accessibilité débutants
- 45/100
- Type d'issue
- Bug
- Clarté
- À clarifier
- Activité
- Calme
- Stack technique
- r
- Domaine
- bioinformatics
Piste de recherche
Commencez par l’appel à readVcf et le fichier snvs_ téléchargé décrit dans le rapport. Inspectez l’en-tête d’entrée et comparez-le au format d’en-tête VCF attendu par readVcf, puis examinez les commentaires associés pour y trouver un éventuel diagnostic. Le travail est terminé lorsqu’il a été établi que les fichiers ne sont pas pris en charge, ou qu’une correction de compatibilité reproductible ou des indications ont été identifiées.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
Hi, when I use the readVcf command, I encounter an error that my input file is not recognized as a VCF. The specific command I am using and error is as follows:
> vcf <- readVcf('../../Downloads/dkfz_groebner_2018_exonic(1)/snvs_ICGC_MB64_somatic.vcf','hg19')
[E::COMPAT_bcf_hdr_read] Input is not detected as bcf or vcf format
Error in scanBcfHeader(bf) : no 'header' line "#CHROM POS ID..."?
The VCF files I am trying to read are downloaded from here; the error occurs with any of the files beginning with snvs_ that I have tested.
I am wondering if these VCF files are older / in a non-standard format that readVcf does not recognize? Please let me know what the issue may be or how I can solve it. Thanks!
- Langage dominant
- R
- Étoiles
- 32
- Forks
- 21
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Guide de contribution
Aucun guide de contribution indexé pour ce dépôt
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
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