writeVcf Output Causes IGV Errors from htsjdk
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Évaluation
- Difficulté
- 3/5
- Temps estimé
- 1-2 jours
- Accessibilité débutants
- 42/100
- Type d'issue
- Bug
- Clarté
- Plutôt claire
- Activité
- À l'abandon
- Stack technique
- r
- Domaine
- bioinformatics
Piste de recherche
Commencez au point d’entrée writeVcf et reproduisez le sous-ensemble de sept échantillons en utilisant le variant chr1:10150 signalé. Comparez le champ ALT écrit avec l’original et validez le VCF obtenu avec htsjdk ou IGV ; c’est terminé lorsque l’astérisque est préservé et que la sortie ne contient plus d’allèle vide.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
I created a subset file with seven samples out of two thousand and saved it to disk. IGV won't open it.
htsjdk.tribble.TribbleException: The provided VCF file is malformed at approximately line number 3428: empty alleles are not permitted in VCF records, for input source
Using head and tail, the variant looks like
$ zcat example.vcf.bgz | head -n 3428 | tail -n 1
chr1 10150 chr1:10150:CTA:CA CTA CA,,TTA 1035.73 PASS
The original file does open successfully in IGV and looks like ($ zgrep 10150 example.vcf.gz | head -n 1)
chr1 10150 chr1:10150:CTA:CA CTA CA,*,TTA 1035.73 PASS
Should the package preserve the asterisks as they are and not blank them like it currently does?
- Langage dominant
- R
- Étoiles
- 32
- Forks
- 21
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Préparer son environnement
Ce projet ne fournit ni conteneur de développement, ni Dockerfile, ni guide de contribution : l'installation est à votre charge. Commencez par son README, et consultez notre guide de la première contribution pour les étapes générales.
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
Autres issues de Bioconductor/VariantAnnotation
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refactor the packageOuverte
Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100
Bioconductor/VariantAnnotation#115 · 4 commentaires ·
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what is the "covr" condition of this package?Peut-être pris @vjcitn l’a pris il y a 81 jours. Ouverte
Bioconductor/VariantAnnotation#114 · 1 réaction · 2 personnes assignées ·
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