Populate INFO column with VariantAnnotation::writeVcf
Évaluation
- Difficulté
- 3/5
- Temps estimé
- 1-2 jours
- Accessibilité débutants
- 35/100
- Type d'issue
- Bug
- Clarté
- Plutôt claire
- Activité
- À l'abandon
- Stack technique
- r
- Domaine
- bioinformatics
Piste de recherche
Commencez par exécuter l’exemple R fourni et inspectez l’objet VRanges construit avant et après VariantAnnotation::writeVcf. Suivez le point d’entrée de writeVcf pour voir comment INFO et les colonnes supplémentaires sont traitées. La tâche est terminée lorsque l’absence des entrées RSID demandées dans le VCF généré a été expliquée ou corrigée.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
Hi ,
I'm the creator of the MungeSumstats Bioconductor package in which we use VariantAnnotation::writeVcf as an output options for the formatted sumstats. I want to align the formatting of our sumstats to IEU OpenGWAS VCF, part of which means adding the RSIDs to the INFO column in the VCF. However, I can't seem to populate INFO with VariantAnnotation::writeVcf. Is there any way to do this?
An example:
#get example data
sumstats_dt <- MungeSumstats::formatted_example()
#convert to VRanges
gr <- to_granges(sumstats_dt)
message("Converting summary statistics to VRanges.")
gr$dummy <- "GWAS"
vr <- VariantAnnotation::makeVRangesFromGRanges(gr,
ref.field = "A1",
alt.field = "A2",
keep.extra.columns = TRUE,
sampleNames.field = "dummy"
)
#make SNP field into INFO
vr$INFO <- paste0("RSID=",vr$SNP)
vr$SNP <- NULL
#Output as VCF
VariantAnnotation::writeVcf(
obj = vr,
### Must supply filename without compression suffix
filename ="~/Downloads/test_vcf.vcf",
index = FALSE
)
#inspect
print(readLines("~/Downloads/test_vcf.vcf",100))
#INFO not populated
- Langage dominant
- R
- Étoiles
- 32
- Forks
- 21
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Préparer son environnement
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Par où commencer
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