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Import Error for bcftools Compressed Files

Ouverte
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Évaluation

Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Accessibilité débutants
35/100
Type d'issue
Bug
Clarté
Plutôt claire
Activité
À l'abandon
Stack technique
r
Domaine
bioinformatics

Piste de recherche

Reproduisez l’échec de l’importation avec un VCF compressé par bcftools à l’aide de -O z, puis comparez-le avec le même fichier décompressé et recompressé via la fonction bgzip de R. Commencez par localiser le chemin d’importation des VCF de VariantAnnotation et le traitement autour de scanBcfHeader(bf) et _hts_rewind(). Le travail est considéré comme terminé lorsque les fichiers compressés par bcftools sont importés avec succès sans le contournement de recompression.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

VCF files that are filtered using bcftools and have their data compressed by specifying -O z as part of the command can't be imported into R because of the error "scanBcfHeader(bf) : [internal] _hts_rewind() failed". Decompressing the file and re-compressing it using the R function bgzip enables it to be successfully imported, but it seems an inefficient workaround and it's unclear why it's required. This issue has been reported for an older version of VariantAnnotation #22

Langage dominant
R
Étoiles
32
Forks
21
Aucune PR mergée en 30 j

Guide de contribution

Aucun guide de contribution indexé pour ce dépôt

Par où commencer

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