Filtering VCF by ranges
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Évaluation
- Difficulté
- 5/5
- Temps estimé
- Plus d'une semaine
- Accessibilité débutants
- 25/100
- Type d'issue
- Fonctionnalité
- Clarté
- À clarifier
- Activité
- À l'abandon
- Stack technique
- r
- Domaine
- bioinformatics
Piste de recherche
Commencez par lire filterVcf() et l’approche de réduction de GenomicFiles décrite dans l’issue. Clarifiez comment l’itération basée sur des intervalles doit interagir avec le filtrage incrémentiel et le traitement fonctionnel sans effets de bord. La finalisation doit inclure un comportement convenu pour le filtrage par intervalles, plutôt que de filtrer uniquement selon le nombre de yield.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
Would be useful to filter a VCF incrementally by range. Range-based iteration makes sense when e.g. removing duplicates. Right now filterVcf() only works by yield count. The GenomicFiles package makes reduction easier but not necessarily filtering at the file level. At least, side effects are undesirable in that functional framework.
- Langage dominant
- R
- Étoiles
- 32
- Forks
- 21
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Guide de contribution
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Par où commencer
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