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expand Error data is NULL

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Évaluation

Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Accessibilité débutants
35/100
Type d'issue
Bug
Clarté
À clarifier
Activité
À l'abandon
Stack technique
r
Domaine
bioinformatics

Piste de recherche

Reproduisez l’échec en lisant af-only-gnomad.hg38.vcf.gz avec readVcf et en appelant expand, puis suivez le traceback à travers .expandGeno et .expandAD. L’issue est résolue lorsque ce fichier gnomAD se développe sans l’erreur NULL-data, tandis que l’exemple du package continue de fonctionner.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

It doesn't happen with the package's example file but does with Genome Analysis ToolKit's gnomAD allele frequency file.

populationFreq <- readVcf("af-only-gnomad.hg38.vcf.gz")
expand(populationFreq)
  Error in array(vec, c(idxlen, xcols, 2L)) : 
  'data' must be of a vector type, was 'NULL'
> traceback()
6: array(vec, c(idxlen, xcols, 2L))
5: .expandAD(gvarR, length(idx), ncol(x))
4: .expandGeno(x, hdr, elt, idx)
Langage dominant
R
Étoiles
32
Forks
21
Aucune PR mergée en 30 j

Guide de contribution

Aucun guide de contribution indexé pour ce dépôt

Par où commencer

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