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merging VCF objects

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Évaluation

Difficulté
5/5
Temps estimé
Plus d'une semaine
Accessibilité débutants
25/100
Type d'issue
Fonctionnalité
Clarté
Plutôt claire
Activité
À l'abandon
Stack technique
r
Domaine
bioinformatics

Piste de recherche

Commencez par examiner comment les coercitions des objets VCF et de VRanges représentent les variants, les samples, rowData(), colData(), info() et geno(). Comparez le workflow c() proposé avec le comportement actuel de bcftools, en particulier pour les variants et les samples différents et qui se chevauchent. Le travail est considéré comme terminé lorsqu’un utilitaire de merge défini préserve les distinctions de métadonnées indiquées et remplit les valeurs d’assay sans correspondance avec NA.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

It would be nice to have an efficient utility to merge two VCF objects that have differing (but often overlapping) sets of variants and samples. I guess the assay matrices would be filled with NAs. Maybe assume that the rowData() and colData() have the same columns, for now. Also assume that only the ranges and alt need to match (like VRanges matching). Currently we are using bcftools for this, but it would be nice to move to a more integrated workflow.

I guess a simple implementation would be to coerce the two (or more) VCF objects to VRanges objects, c() them together and then coerce back to VCF, preserving the info() and geno() distinction.

Langage dominant
R
Étoiles
32
Forks
21
Aucune PR mergée en 30 j

Guide de contribution

Aucun guide de contribution indexé pour ce dépôt

Par où commencer

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