Can I read in a VCF "file" as a character string?
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Évaluation
- Difficulté
- 4/5
- Temps estimé
- 3-5 jours
- Accessibilité débutants
- 35/100
- Type d'issue
- Fonctionnalité
- Clarté
- Plutôt claire
- Activité
- À l'abandon
- Stack technique
- r
- Domaine
- bioinformatics
Piste de recherche
Commencez par le point d’entrée readVCF et examinez comment il accepte les noms de fichiers et construit un objet CollapsedVCF. La tâche est terminée lorsqu’une chaîne VCF peut être passée directement sans créer de fichier temporaire, y compris pour les entrées volumineuses ; vérifiez d’abord le comportement existant de readVCF et les tests pertinents.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
First off, thanks for an excellent tool.
This is a bit of a niche issue, but I was wondering is it possible to pass readVCF a character string instead of a filename?
I have a database in which VCF files have been inserted as a blob variable. My current implementation:
- Reads the VCF character string from the database
- Writes it to a tempfile
- Passes the tempfile to readVCF to create a CollapsedVCF object
- Deletes the temp file
For the most part, this isn't too much of a performance hit, but I have some 100+ mb VCF files in which the file i/o takes longer than I would like. If I could go directly from character string to CollapsedVCF it would be much more efficient.
- Langage dominant
- R
- Étoiles
- 32
- Forks
- 21
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Préparer son environnement
Ce projet ne fournit ni conteneur de développement, ni Dockerfile, ni guide de contribution : l'installation est à votre charge. Commencez par son README, et consultez notre guide de la première contribution pour les étapes générales.
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
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