Create protein sequences including variants from a VCF file
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Évaluation
- Difficulté
- 5/5
- Temps estimé
- Plus d'une semaine
- Accessibilité débutants
- 25/100
- Type d'issue
- Fonctionnalité
- Clarté
- Plutôt claire
- Activité
- À l'abandon
- Stack technique
- r
- Domaine
- bioinformatics
Piste de recherche
Commencez par examiner VariantAnnotation::predictCoding(), le workflow de référence de BSgenome et le message lié du forum Bioconductor. Définissez comment les variants codants, en commençant par les SNV non synonymes, doivent être traduits et insérés dans les séquences FASTA du protéome de référence. Le travail est considéré comme terminé lorsque la fonctionnalité demandée proteomeVariantInsertion() produit et enregistre une sortie FASTA modifiée.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
Dear BiocTeam,
I am investigating the proteome of human cancer samples and want to insert their genetic variations into the reference proteome fasta sequences to increase the sensitivity of my peptide/protein quantification.
Can you implement this "proteomeVariantInsertion()" in the VariantAnnotation package?
The VariantAnnotation::predictCoding() function already translates codons at variant positions from a reference BSgenome object to assess the consequences of a variant. I would like to take all coding variants (or just non-synonymous SNVs for a start) and insert them into the reference proteome, then save the modified fasta file.
See also my post in the Bioconductor forum.
Thanks,
Daniel
- Langage dominant
- R
- Étoiles
- 32
- Forks
- 21
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Préparer son environnement
Ce projet ne fournit ni conteneur de développement, ni Dockerfile, ni guide de contribution : l'installation est à votre charge. Commencez par son README, et consultez notre guide de la première contribution pour les étapes générales.
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
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- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
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