Import Error for bcftools Compressed Files

Aperta

#32 aperta il 5/8/2019 1 commento 7 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

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Valutazione

Difficoltà: 4/5
Tempo stimato: 3-5 giorni
Idoneità per principianti: 35/100

Tipo di issue: Bug
Chiarezza: Abbastanza chiara
Stato di attività: Ferma
Stack tecnologico: r
Ambito: bioinformatics

Direzione di ricerca

Riproduci il fallimento dell’importazione con un VCF compresso da bcftools usando -O z, quindi confrontalo con lo stesso file decompresso e ricompresso tramite la funzione bgzip di R. Inizia individuando il percorso di importazione dei VCF di VariantAnnotation e la gestione attorno a scanBcfHeader(bf) e _hts_rewind(). Il lavoro è completo quando i file compressi da bcftools vengono importati correttamente senza la soluzione alternativa della ricompressione.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

VCF files that are filtered using bcftools and have their data compressed by specifying -O z as part of the command can't be imported into R because of the error "scanBcfHeader(bf) : [internal] _hts_rewind() failed". Decompressing the file and re-compressing it using the R function bgzip enables it to be successfully imported, but it seems an inefficient workaround and it's unclear why it's required. This issue has been reported for an older version of VariantAnnotation #22

Lingua principale: R
Stelle: 32
Fork: 21
Metriche di merge delle PR: Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

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