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readVcf(), VariantAnnotation and shiny compatibility

Aperta
#77 1 commento 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
bioinformatics, data

Direzione di ricerca

Inizia riproducendo l’esempio Shiny fornito usando readVcf(), subset() e predictCoding(), con gli oggetti BSgenome mostrati. Esamina come il risultato CollapsedVCF viene passato a DT e predictCoding(), e verifica i metodi disponibili per queste firme. Il lavoro è completo quando il problema di compatibilità e il percorso di conversione o utilizzo supportato sono stati stabiliti chiaramente.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Hi,

We are working on incorporating the readVcf function into our Shiny app, but it appears that Shiny is having trouble recognizing the object format.

After completing the upload, we received an error stating that 'data' must be either a matrix or a data frame and cannot be in the CollapsedVCF format. To address this issue, you may need to coerce the data to a matrix or data frame.
Is there any way to collapse the vcf to table that is compatible with shiny?

The same is when trying to use the function predictCoding()
Warning: Error in : unable to find an inherited method for function ‘predictCoding’ for signature ‘"CollapsedVCF", "BSgenome", "BSgenome", "missing"’

Many thanks
Sandrine

example .. but just for information....

library(shiny)
library(dplyr)
library(DT)
library(VariantAnnotation)
library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38)
txdb <- BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38

ui <- fluidPage(
titlePanel("VCF XPLORR"),
fileInput("fileInput", "Choose a VCF file", accept = c(".vcf", ".vcf.gz", ".maf"),
multiple = FALSE)
DTOutput("table")
)

server<-function(session, input,output){
options(shiny.maxRequestSize=40*1024^2)

data1 <- reactive({
validate(need(input$fileInput,""))
if (is.null(input$fileInput)) {
return(NULL)
} else {
raw_vcf_data <- readVcf(input$fileInput$datapath, 'hg38')

Perform filtering based on the FILTER column

filtered_vcf_data <- subset(raw_vcf_data, FILTER == "PASS")
coding <- predictCoding(filtered_vcf_data, txdb, seqSource=Hsapiens) %>%
as.data.frame()

return(coding)

})

output$table <-reactive({ renderDT({
if (!is.null(data1())) {
datatable(head(data1(), 5))
}
}})
}
shinyApp(ui = ui, server = server)

Lingua principale
R
Stelle
32
Fork
21
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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