Can I read in a VCF "file" as a character string?

Aperta

#28 aperta il 15/4/2019 1 commento 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

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Valutazione

Difficoltà: 4/5
Tempo stimato: 3-5 giorni
Idoneità per principianti: 35/100

Tipo di issue: Funzionalità
Chiarezza: Abbastanza chiara
Stato di attività: Ferma
Stack tecnologico: r
Ambito: bioinformatics

Direzione di ricerca

Inizia dal punto di ingresso readVCF e verifica come accetta i nomi dei file e costruisce un oggetto CollapsedVCF. Il lavoro è completo quando è possibile passare direttamente una stringa VCF senza creare un file temporaneo, anche per input di grandi dimensioni; controlla prima il comportamento esistente di readVCF e i test pertinenti.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

First off, thanks for an excellent tool.

This is a bit of a niche issue, but I was wondering is it possible to pass readVCF a character string instead of a filename?

I have a database in which VCF files have been inserted as a blob variable. My current implementation:

Reads the VCF character string from the database
Writes it to a tempfile
Passes the tempfile to readVCF to create a CollapsedVCF object
Deletes the temp file

For the most part, this isn't too much of a performance hit, but I have some 100+ mb VCF files in which the file i/o takes longer than I would like. If I could go directly from character string to CollapsedVCF it would be much more efficient.

Lingua principale: R
Stelle: 32
Fork: 21
Metriche di merge delle PR: Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
Fai un fork del repository e lavora su un branch.
Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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