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readVcf does not recognize my vcf file?

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
45/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Tranquilla
Stack tecnologico
r
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

Inizia con la chiamata a readVcf e il file snvs_ scaricato descritto nel report. Esamina l’header di input e confrontalo con il formato dell’header VCF previsto da readVcf, quindi controlla i commenti correlati per individuare eventuali diagnosi. Il lavoro è completato quando è stato stabilito se i file non sono supportati oppure è stata identificata una correzione di compatibilità riproducibile o una guida al riguardo.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Hi, when I use the readVcf command, I encounter an error that my input file is not recognized as a VCF. The specific command I am using and error is as follows:

> vcf <- readVcf('../../Downloads/dkfz_groebner_2018_exonic(1)/snvs_ICGC_MB64_somatic.vcf','hg19')
[E::COMPAT_bcf_hdr_read] Input is not detected as bcf or vcf format
Error in scanBcfHeader(bf) : no 'header' line "#CHROM POS ID..."?

The VCF files I am trying to read are downloaded from here; the error occurs with any of the files beginning with snvs_ that I have tested.

I am wondering if these VCF files are older / in a non-standard format that readVcf does not recognize? Please let me know what the issue may be or how I can solve it. Thanks!

Lingua principale
R
Stelle
32
Fork
21
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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