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writeVcf Output Causes IGV Errors from htsjdk

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
42/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

Inizia dal punto di ingresso writeVcf e riproduci il sottoinsieme di sette campioni usando la variante chr1:10150 segnalata. Confronta il campo ALT scritto con l’originale e valida il VCF risultante con htsjdk o IGV; il lavoro è completato quando l’asterisco viene preservato e l’output non contiene più un allele vuoto.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

I created a subset file with seven samples out of two thousand and saved it to disk. IGV won't open it.

htsjdk.tribble.TribbleException: The provided VCF file is malformed at approximately line number 3428: empty alleles are not permitted in VCF records, for input source

Using head and tail, the variant looks like

$ zcat example.vcf.bgz | head -n 3428 | tail -n 1
chr1    10150   chr1:10150:CTA:CA       CTA     CA,,TTA 1035.73 PASS

The original file does open successfully in IGV and looks like ($ zgrep 10150 example.vcf.gz | head -n 1)

chr1    10150   chr1:10150:CTA:CA       CTA     CA,*,TTA        1035.73 PASS

Should the package preserve the asterisks as they are and not blank them like it currently does?

Lingua principale
R
Stelle
32
Fork
21
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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