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Create protein sequences including variants from a VCF file

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

Inizia esaminando VariantAnnotation::predictCoding(), il workflow di riferimento di BSgenome e il post collegato del forum Bioconductor. Definisci come le varianti codificanti, a partire dagli SNV non sinonimi, debbano essere tradotte e inserite nelle sequenze FASTA del proteoma di riferimento. Il lavoro è completato quando la funzionalità richiesta proteomeVariantInsertion() produce e salva un output FASTA modificato.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Dear BiocTeam,

I am investigating the proteome of human cancer samples and want to insert their genetic variations into the reference proteome fasta sequences to increase the sensitivity of my peptide/protein quantification.

Can you implement this "proteomeVariantInsertion()" in the VariantAnnotation package?

The VariantAnnotation::predictCoding() function already translates codons at variant positions from a reference BSgenome object to assess the consequences of a variant. I would like to take all coding variants (or just non-synonymous SNVs for a start) and insert them into the reference proteome, then save the modified fasta file.

See also my post in the Bioconductor forum.

Thanks,
Daniel

Lingua principale
R
Stelle
32
Fork
21
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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