merging VCF objects

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#3 aperta il 23/1/2018 9 commenti 2 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

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Valutazione

Difficoltà: 5/5
Tempo stimato: Più di una settimana
Idoneità per principianti: 25/100

Tipo di issue: Funzionalità
Chiarezza: Abbastanza chiara
Stato di attività: Ferma
Stack tecnologico: r
Ambito: bioinformatics

Direzione di ricerca

Inizia esaminando come le coercizioni degli oggetti VCF e di VRanges rappresentano varianti, campioni, rowData(), colData(), info() e geno(). Confronta il workflow c() proposto con il comportamento attuale di bcftools, soprattutto per varianti e campioni differenti e sovrapposti. Il lavoro è completato quando un’utilità di merge definita preserva le distinzioni di metadati indicate e riempie con NA i valori di assay senza corrispondenza.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

It would be nice to have an efficient utility to merge two VCF objects that have differing (but often overlapping) sets of variants and samples. I guess the assay matrices would be filled with NAs. Maybe assume that the rowData() and colData() have the same columns, for now. Also assume that only the ranges and alt need to match (like VRanges matching). Currently we are using bcftools for this, but it would be nice to move to a more integrated workflow.

I guess a simple implementation would be to coerce the two (or more) VCF objects to VRanges objects, c() them together and then coerce back to VCF, preserving the info() and geno() distinction.

Lingua principale: R
Stelle: 32
Fork: 21
Metriche di merge delle PR: Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
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