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predictcoding - multiple mutations at a codon are never evaluated additively

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

Inizia dal punto di ingresso predictcoding() e riproduci il caso di sequenza HIV segnalato usando tre SNP in posizioni consecutive all’interno di un codone. Traccia come vengono valutati REFAA e VARAA per quel codone, quindi aggiungi la copertura per l’avviso richiesto e verifica che l’avviso compaia quando le mutazioni non vengono valutate in modo additivo.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

I have HIV sequence data, where for three consecutive positions I have SNPS. These three all code for SNPS in the same codon.
predictcoding() returns the independently evaluated REFAA and VARAA, fine its expected behaviour. But a warning that "hey these variant amino acid mutations aren't true" would be nice!

image

Lingua principale
R
Stelle
32
Fork
21
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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