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API to change output suffix to .gz

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
45/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

Inizia individuando l’implementazione di writeVcf() e i relativi test. Verifica come index=TRUE gestisce i nomi di output .vcf, .vcf.bgz e .vcf.gz. Il lavoro è completato quando un percorso .vcf.gz richiesto viene scritto come specificato, senza essere modificato silenziosamente in .vcf.bgz, e i test coprono questi casi.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

enhancement

The majority of VCF handling bioinformatics libraries use a .vcf.gz suffix, even for block gziped output. writeVcf() with index=TRUE does not support this and forceably sets the suffix to .bgz.

The following commands do exactly the same thing:

writeVcf(vcf, "example.vcf", index=TRUE)
writeVcf(vcf, "example.vcf.bgz", index=TRUE)
writeVcf(vcf, "example.vcf.gz", index=TRUE)

Desired behaviour: specifying a .vcf.gz as the output file, actually writes to the output file instead of silently changing the suffix of the output file to .vcf.bgz.

Lingua principale
R
Stelle
32
Fork
21
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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