Bioconductor/GenomicRanges

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  Bioconductor/GenomicRanges#96 · Aperta il 18/1/2026

• Strange setdiff behavior - identified bug

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  Bioconductor/GenomicRanges#95 · 2 commenti · Aperta il 29/12/2025

• strand is ignored and stranded (seqnames, start, end, strand) tuples are treated as invalid

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  Bioconductor/GenomicRanges#94 · 2 commenti · Aperta il 11/12/2025

• setdiff GRangesList,GRangesList

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  Bioconductor/GenomicRanges#91 · Aperta il 13/7/2025

• resize out of bounds warning message

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  Bioconductor/GenomicRanges#90 · Aperta il 9/7/2025

• resize documentation

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  Bioconductor/GenomicRanges#89 · Aperta il 8/7/2025

• Bug in unique

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  Bioconductor/GenomicRanges#88 · Aperta il 24/6/2025

• Ignoring negative positions when intersecting two `GRanges` objects

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  Bioconductor/GenomicRanges#87 · Aperta il 17/1/2025

• subtract documentation

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  Bioconductor/GenomicRanges#83 · 7 commenti · Aperta il 28/12/2023

• RleList subsetting has integer overflow on mammal genomes

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  Bioconductor/GenomicRanges#79 · Aperta il 12/7/2023

• Could `GenomicRanges::binnedAverage()` be reused for other purposes?

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  Bioconductor/GenomicRanges#77 · 4 commenti · Aperta il 23/3/2023

• Error in getListElement(x, i, ...) : GRanges objects don't support [[, as.list(), lapply(), or unlist() at the moment

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  Bioconductor/GenomicRanges#76 · 17 commenti · Aperta il 28/2/2023

• nearestKNeighbors does not handle seqlevel pruning

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  Bioconductor/GenomicRanges#74 · 2 commenti · Aperta il 9/1/2023

• setdiff not behaving as expected

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  Bioconductor/GenomicRanges#67 · Aperta il 15/7/2022

• Representing missing ranges

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  Bioconductor/GenomicRanges#66 · Aperta il 20/5/2022

• Could we directly save the metadata when we use the function makeTxDbFromGFF?

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  Bioconductor/GenomicRanges#57 · Aperta il 13/4/2021

• Document and export get_out_of_bound_index

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  Bioconductor/GenomicRanges#53 · 2 commenti · Aperta il 19/1/2021

• overlaps with character arguments as seqlevels?

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  Bioconductor/GenomicRanges#52 · 2 commenti · Aperta il 19/1/2021

• GRanges gives 'Error in getListElement' when creating objects

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  Bioconductor/GenomicRanges#51 · Aperta il 5/1/2021

• GPos doesn't survive round-trip conversion to data.frame

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  Bioconductor/GenomicRanges#46 · 2 commenti · Aperta il 24/8/2020

• pc Performance Slow for Two GRangesList

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  Bioconductor/GenomicRanges#44 · 4 commenti · Aperta il 31/7/2020

• Enhancement: Promoters Calculated Don't Overlap with Other Genes

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  enhancement

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  Bioconductor/GenomicRanges#43 · 3 commenti · Aperta il 29/7/2020

• strange code for GenomicRanges:::compatibleStrand

  Forse di nuovo libera @hpages l’ha presa 2416 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  Bioconductor/GenomicRanges#33 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 9/2/2020

• inner and outer mcols for GRangesFactor

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  Bioconductor/GenomicRanges#30 · 1 commento · Aperta il 23/6/2019

• GRangesFactor should inherit from GenomicRanges

  Forse di nuovo libera @hpages l’ha presa 2652 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  Bioconductor/GenomicRanges#26 · 1 reazione · 1 assegnatario · Aperta il 16/6/2019

• Making it easier to convert from IGV coordinates

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  Bioconductor/GenomicRanges#22 · 2 reazioni · Aperta il 4/4/2019

• coercion from character vector to GRanges does not report the faulty string

  Forse di nuovo libera @hpages l’ha presa 2652 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  Bioconductor/GenomicRanges#20 · 1 reazione · 1 assegnatario · Aperta il 17/1/2019

• gaps and GRangesList

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  Bioconductor/GenomicRanges#17 · 3 commenti · 1 reazione · Aperta il 4/10/2018

• findOverlaps with type="equal" and a GRangesList

  Forse di nuovo libera @lawremi l’ha presa 2652 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  Bioconductor/GenomicRanges#16 · 6 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 4/10/2018

• Feature request: make intra- and inter- range transformations work on GPos objects

  Forse di nuovo libera @hpages l’ha presa 2652 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  Bioconductor/GenomicRanges#12 · 1 reazione · 1 assegnatario · Aperta il 2/10/2018

• Easy access to inner metadata of a GRangesList

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  Bioconductor/GenomicRanges#6 · 7 commenti · Aperta il 9/3/2018