Making it easier to convert from IGV coordinates
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 40/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Parti dal costruttore di stringhe di GRanges e segui come vengono analizzate coordinate come "chr5:37,614,351-37,614,537:+". Controlla il comportamento attuale del costruttore per le coordinate prive di virgole, quindi verifica che l’accettazione delle virgole nello stile IGV mantenga il formato corrente e gestisca l’input di esempio.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
IGV gives coordiantes as this:
"chr5:37614,351-37614537:+"
Would be nice if the GRanges string constructor would accept "," in the string.
Now this fails:
GRanges("chr5:37,614,351-37,614,537:+") # <- There are commas in here
#This works:
GRanges(sub(pattern = "," , x = "chr5:37,614,351-37,614,537:+", replacement = ""))
Could this be implemented in bioc 3.9 or 3.10 ? So that copy from IGV coordinates is a 1-liner, instead of having to manually remove commas. Or is there a way this could harm the function ?
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 47
- Fork
- 22
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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