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pc Performance Slow for Two GRangesList

Aperta
  • Qualcosa non va?
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
bioinformatics, performance

Direzione di ricerca

Inizia con la chiamata a pc in GenomicRanges e riproduci i tempi usando due input GRangesList di circa 20,000 componenti, confrontandoli con la soluzione collegata del sito di supporto. Il lavoro è completato quando è stato determinato se il comportamento attuale è una regressione e sono state ripristinate le prestazioni attese inferiori al secondo, con una verifica della regressione per il caso segnalato.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

A previous question on the support site has a comment on an answer from the person asking the question:

Thank you Mike and Michael for your responses. Michael's solution works in sub-second time. mapply didn't return after a few minutes on real input so I stopped it.

The solution involves the use of pc. When I do it with the current version of GenomicRanges and R 4.0.1, it takes a few minutes. Could it be a performance regression since 2017? The length of each list is also about 20000 components, like the original question.

> length(upstreamCisRegions)
[1] 23215
> length(downstreamCisRegions)
[1] 23215
system.time(allCisRegions <- pc(upstreamCisRegions, downstreamCisRegions))
   user  system elapsed 
567.914   9.354 578.292
Lingua principale
R
Stelle
47
Fork
22
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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