Enhancement: Promoters Calculated Don't Overlap with Other Genes
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia dal punto di ingresso promoters; l'issue non indica alcun file o test. Traccia il modo in cui gestisce un GRangesList, quindi confronta il comportamento richiesto di nonOverlapping con l'algoritmo pubblicato. Il lavoro è completato quando la regione a monte si arresta all'esone di un altro gene o a 200000 basi, a seconda di quale evento si verifica per primo.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
I am trying to reproduce a published study by reimplementing the algorithm. The algorithm takes 200000 bases, the average length of a Topologically Associated Domain (TAD), upstream of the TSS and downstream of the TES. GenomicRanges has a function named promoters. It would be nice to have a setting such as nonOverlapping = TRUE that would extend the promoter region upstream until it reaches another gene's exon in the GRangesList object or 200000 bases, whichever is lesser.
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 47
- Fork
- 22
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Altre issue di Bioconductor/GenomicRanges
-
compatibleStrand has contradictory definitions (plain function and S4 generic)Forse già presa @MichaelChirico l’ha presa 6 giorni fa. Aperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
Bioconductor/GenomicRanges#101 ·
-
MemoryAperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100
-
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100
Bioconductor/GenomicRanges#95 · 2 commenti ·
-
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100
Bioconductor/GenomicRanges#94 · 2 commenti ·
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100
Tutte le issue di Bioconductor/GenomicRanges
Issue simili
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100
nmfs-ost/stockplotr#445 · 2 commenti · 1 reazione ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Importer: an empty or non-numeric Error cell is imported as 0 instead of missingForse già presa Una pull request collegata a questa issue è aperta o già unita. Aperta
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
Open-Systems-Pharmacology/OSPSuite.Core#3049 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 85/100
NovoNordisk-OpenSource/mighty#88 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 70/100
petal-code/helios#174 ·
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 66/100