Memory
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 30/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Iniziare riproducendo il subsetting delle sovrapposizioni con i due GRanges di circa 50.000 features e ispezionare l’entry point .Call2("C_find_overlaps_in_groups_NCList", ...) segnalato in IRanges. Confermare se il fallimento è effettivamente un problema di allocazione o un problema degli input o dell’algoritmo; il lavoro è completato quando sono documentati una causa riproducibile e la correzione o le indicazioni corrispondenti.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi,
I encountered a memory error while subsetting two GRanges by overlapping:
Error in .Call2("C_find_overlaps_in_groups_NCList", start(q), end(q), :
build_NCList: memory allocation failed
10. | .Call2("C_find_overlaps_in_groups_NCList", start(q), end(q), q_space, q_groups, start(s), end(s), s_space, s_groups, nclists, nclist_is_q, maxgap, minoverlap, type, select, circle.length, PACKAGE = "IRanges")
-- | --
The two GRanges are each about 50,000 features longs and < 10MB. I suspect the true cause is not memory but I have not been able to trouble shoot it.
Thanks so much!
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 47
- Fork
- 22
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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