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findOverlaps with type="equal" and a GRangesList

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#16 6 commenti 0 reazioni 1 assegnatario Vedi su GitHub

@lawremi ci sta già lavorando.

Dal 23/6/2019.

Valutazione

Questa issue non è ancora stata valutata.

Descrizione

When I use findOverlaps with type="equal" and a GRangesList I get an error:

> findOverlaps(gr, grIntrons.24, type = "equal")
Error in match.arg(type) : 
  'arg' should be one of “any”, “start”, “end”, “within”

(in this case gr is a GRanges and grIntrons.24 is a GRangesList).

This is made even more confusing by the generic

> findOverlaps
standardGeneric for "findOverlaps" defined from package "IRanges"

function (query, subject, maxgap = -1L, minoverlap = 0L, type = c("any", 
    "start", "end", "within", "equal"), select = c("all", "first", 
    "last", "arbitrary"), ...) 
standardGeneric("findOverlaps")
<bytecode: 0x7f8a47c5aea8>
<environment: 0x7f8a48e3a1e0>
Methods may be defined for arguments: query, subject
Use  showMethods("findOverlaps")  for currently available ones.

which strongly suggests type="equal" is valid.

Lingua principale
R
Stelle
47
Fork
22
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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