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Strange setdiff behavior - identified bug

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
38/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

Riproduci la discrepanza con gli esempi forniti di x_list e rem_list, concentrandoti su GenomicRanges::setdiff per gli oggetti CompressedGRangesList con ignore.strand=TRUE. Confronta il risultato a livello di lista con un setdiff diretto sull’elemento 16384 e traccia come viene elaborato quell’elemento. L’attività è completata quando il risultato a livello di lista è vuoto per l’intervallo completamente sovrapposto.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Hi,
I'm seeing strange behavior in setdiff. GenomicRanges v1.58.0

Two GRangesLists, examine list element 16384 in each of them:

> x_list %>% class
[1] "CompressedGRangesList"
attr(,"package")
[1] "GenomicRanges"
> rem_list %>% class
[1] "CompressedGRangesList"
attr(,"package")
[1] "GenomicRanges"

> x_list[[16384]]
GRanges object with 1 range and 2 metadata columns:
      seqnames            ranges strand |
         <Rle>         <IRanges>  <Rle> |
  [1]     chr4 85143672-85143727      + |
                                          run_id        zm
                                        <factor> <integer>
  [1] Lib1 233832556
  -------
  seqinfo: 195 sequences (1 circular) from hg38 genome

> rem_list[[16384]]
GRanges object with 1 range and 3 metadata columns:
      seqnames            ranges strand |
         <Rle>         <IRanges>  <Rle> |
  [1]     chr4 85143672-85143727      + |
                                          run_id        zm       hit
                                        <factor> <integer> <logical>
  [1] Lib1 233832556      TRUE
  -------
  seqinfo: 195 sequences (1 circular) from hg38 genome

setdiff between the two GRangesLists, and examine list element 16384 in the result:

> out_list <- GenomicRanges::setdiff(x_list, rem_list, ignore.strand = TRUE)

> out_list[[16384]]
GRanges object with 1 range and 0 metadata columns:
      seqnames            ranges strand
         <Rle>         <IRanges>  <Rle>
  [1]     chr4 85143672-85143727      *
  -------
  seqinfo: 195 sequences (1 circular) from hg38 genome

The result in out_list[[16384]] should be empty.

Confirmation that seqnames were encoded identically:

> as.integer(seqnames(x_list[[16384]]))
[1] 4
> as.integer(seqnames(rem_list[[16384]]))
[1] 4

Direct setdiff between the individual elements works correctly:

> GenomicRanges::setdiff(x_list[[16384]], rem_list[[16384]], ignore.strand = TRUE)
GRanges object with 0 ranges and 0 metadata columns:
   seqnames    ranges strand
      <Rle> <IRanges>  <Rle>
  -------
  seqinfo: 195 sequences (1 circular) from hg38_SMaHT genome

There might be something fundamental I'm not understanding about setdiff. Or perhaps this is some weird bug.

Lingua principale
R
Stelle
47
Fork
22
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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