setdiff not behaving as expected
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia riproducendo le chiamate a setdiff con i valori GRanges forniti, confrontando la gestione predefinita di strand con ignore.strand=TRUE. Esamina l’implementazione di setdiff di GenomicRanges e i test o la documentazione correlati alla semantica di strand '*'; il lavoro è completato quando il comportamento è chiarito oppure quando il comportamento di sovrapposizione previsto è coperto da un test risolto.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi,
For some reason the below setdiff is not filtering out the element in x, even though it is encompassed by y.
x:
> mutations.gr[[1]][2]
GRanges object with 1 range and 0 metadata columns:
seqnames ranges strand
<Rle> <IRanges> <Rle>
[1] chr1 15003249 +
-------
seqinfo: 23 sequences from an unspecified genome; no seqlengths
y:
> genes[266]
GRanges object with 1 range and 0 metadata columns:
seqnames ranges strand
<Rle> <IRanges> <Rle>
[1] chr1 14971680-15048506 *
-------
seqinfo: 24 sequences from an unspecified genome; no seqlengths
> setdiff(mutations.gr[[1]][2],genes[266])
GRanges object with 1 range and 0 metadata columns:
seqnames ranges strand
<Rle> <IRanges> <Rle>
[1] chr1 15003249 +
-------
seqinfo: 24 sequences from an unspecified genome; no seqlengths
=> The result should be an empty GRanges.
But adding ignore.strand=TRUE works:
> setdiff(mutations.gr[[1]][2],genes[266],ignore.strand=TRUE)
GRanges object with 0 ranges and 0 metadata columns:
seqnames ranges strand
<Rle> <IRanges> <Rle>
-------
seqinfo: 24 sequences from an unspecified genome; no seqlengths
Shouldn't setdiff of a range with strand = + that is encompassed by a range with strand = * be considered an overlap and removed by setdiff?
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 47
- Fork
- 22
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
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