resize out of bounds warning message
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia individuando la funzione resize e riproducendo l’avviso out-of-bounds descritto nell’issue. Verifica come vengono rappresentati i limiti delle coordinate cromosomiche e come trim() gestisce gli intervalli. Il lavoro è completato quando resize supporta l’opzione trim richiesta ed evita l’avviso mantenendo gli intervalli entro i limiti di sequenza noti quando l’opzione è abilitata.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi,
I think there should be a trim = TRUE/FALSE option in the 'resize' function to avoid such warnings below. Since there is otherwise no straightforward way to resize without exceeding chromosome coordinate boundaries.
Warning message:
In valid.GenomicRanges.seqinfo(x, suggest.trim = TRUE) :
GRanges object contains 46 out-of-bound ranges located on sequences
chr1, chr2, chr3, chr4, chr5, chr6, chr7, chr8, chr9, chr10, chr11,
chr12, chr13, chr14, chr15, chr16, chr17, chr18, chr19, chr20, chr21,
chr22, and chrX. Note that ranges located on a sequence whose length is
unknown (NA) or on a circular sequence are not considered out-of-bound
(use seqlengths() and isCircular() to get the lengths and circularity
flags of the underlying sequences). You can use trim() to trim these
ranges. See ?trim,GenomicRanges-method for more information
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 47
- Fork
- 22
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
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