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inner and outer mcols for GRangesFactor

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

Inizia confrontando il comportamento attuale di GRangesFactor per show(), unfactor() e $ con il comportamento degli mcols interni/esterni di GRangesList. Decidi quale semantica per il recupero e la visualizzazione dei metadati dovrebbe essere coerente, incluso come gestire i conflitti tra i metadati a livello e i metadati elemento per elemento. Il lavoro è completato quando il comportamento scelto è implementato e coperto per questi esempi.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

It would be desirable for GRangesFactor to consistently transmit the information in the mcols of its levels when providing GRanges-like semantics. In particular:

example(GRangesFactor)
levels(grf1)$whee <- 1:6

# It would be nice to see 'whee' mentioned somewhere.
show(grf1)

# Needs ignore.mcols=TRUE to get 'whee', but then it loses 'ID'.
unfactor(grf1) 

# Doesn't know any better, so just returns NULL.
grf1$whee

One of the appeals of using a GRangesFactor in the first place is so that we can stuff loads of content into the mcols of the levels without inflating the overall object. While setting is easy with mcols(levels(x))<-, we should consider ways of making it easy to do get back the "expanded" level metadata without needing the wordy levels(x)$whee[as.integer(x)]. For example:

  • show could just list the metadata fields in the levels, even if it doesn't show them.
  • unfactor's default could try to include both level and element-wise metadata (i.e., mcols(x)), throwing a warning if the latter overrides the former by name.
  • $ could try to get the expanded level metadata if name does not exist in the element-wise metadata.

This whole situation is similar to the inner/outer mcols retrieval issue for GRLs. It would probably be desirable to be consistent across these two classes - though arguably, GRLs are not a great example because the inner mcols are shown but so hard to get (what a tease!).

Lingua principale
R
Stelle
47
Fork
22
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

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