Error in getListElement(x, i, ...) : GRanges objects don't support [[, as.list(), lapply(), or unlist() at the moment
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 20/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
L’issue non indica alcun file o test del repository. Inizia riproducendo reduce(c(peaks$sample1, peaks$sample2, peaks$sample3)) con una GRangesList e ispezionando gli entry point di GRangesList e reduce; il lavoro è completato quando viene identificato se l’errore [[/lapply/unlist segnalato è una regressione e viene stabilita una risoluzione verificata.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hey,
I am getting this error when I am using reduce function on a GRangesList (it was working fine a few days ago).
Error in getListElement(x, i, ...) :
GRanges objects don't support [[, as.list(), lapply(), or unlist() at
the moment
My script is:
peaks = GRangesList()
combined.peaks <- reduce(c(peaks$sample1, peaks$sample2, peaks$sample3))
And the output looks like this:
peaks
GRangesList object of length 11:
$sample1
GRanges object with 98860 ranges and 0 metadata columns:
seqnames ranges strand
[1] chr1 629770-630550 *
[2] chr1 633794-634259 *
[3] chr1 778203-779262 *
[4] chr1 817083-817625 *
[5] chr1 821110-821501 *
... ... ... ...
[98856] chrY 56868863-56871397 *
[98857] chrY 56872276-56872281 *
[98858] chrY 56873716-56874522 *
[98859] chrY 56877566-56877837 *
[98860] chrY 56879680-56880015 *
seqinfo: 24 sequences from an unspecified genome; no seqlengths
...
<10 more elements>
Any thoughts on what is happening?
Thanks!
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