strange code for GenomicRanges:::compatibleStrand
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Dal 14/2/2020.
Valutazione
Questa issue non è ancora stata valutata.
Descrizione
Hi. I noticed some strange code in GenomicRanges (v1.38.0) for the
function GenomicRanges:::compatibleStrand. I believe that when
building GenomicRanges in R, the following happens:
-
R processes strand-utils.R, which defines an S4 generic for
compatibleStrand stored in GenomicRanges:::compatibleStrand, and
defines several S4 methods. -
R processes findOverlaps-methods.R (this is processed after
strand-utils.R, according to the "Collate" field in
GenomicRanges/DESCRIPTION). This file defines a regular function
stored in GenomicRanges:::compatibleStrand, overwriting the generic
function defined in strand-utils.R.
Thus, this package defines several methods for compatibleStrand that
are never used, since there is no S4 generic function for it. Was
this intentional? It could be that the generic and methods are just
stale code that should be removed.
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 47
- Fork
- 22
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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