Update partial charge description in notebooks after implementing new validation

Đang mở Phù hợp với người mới
  • Có gì không ổn?
#349 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 3 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
1/5
Thời gian dự kiến
Dưới một giờ
Mức phù hợp với người mới
75/100
Loại issue
Tài liệu
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
jupyter-notebook
Lĩnh vực
documentation

Hướng nghiên cứu

Tìm hướng dẫn ABFE và xác định phần giải thích được trích dẫn về điện tích riêng phần; sau đó tìm phần giải thích tương tự trong các notebook khác. Cập nhật cách diễn đạt để nêu rõ rằng các phương pháp điện tích riêng phần không xác định không được hỗ trợ khi chạy, rồi kiểm tra để bảo đảm văn bản đã sửa nhất quán trong các notebook bị ảnh hưởng.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Update explanation of partial charge assignment once we get the partial charge validation in

Currently, e.g. in ABFE tutorial:

If a ligand has no partial charges, they are generated separately for each simulation, which can, depending on the selected partial charge method, lead to different charges between repeats or between the legs of a calculation involving the same ligand.

After validation, reword all of this to "non-deterministic partial charge methods are not supported at runtime".

Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
70
Fork
15
Merge trung bình
5 ngày 19 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
14

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks

Tất cả issue của OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks

Issue tương tự

Thêm issue về Documentation

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.