Chủ sở hữu
OpenFreeEnergy
Đã lập chỉ mục 22 kho mã nguồn · Xem trên GitHub
-
openfe
The Open Free Energy toolkit
Python · 332 star
-
ExampleNotebooks
Notebooks demonstrating how to do simple tasks related to free energy calculations.
Jupyter Notebook · 70 star
-
IndustryBenchmarks2024
Repository for the 2024 OpenFE industry benchmark efforts
Jupyter Notebook · 48 star
-
Lomap
Alchemical mutation scoring map
Python · 45 star
-
gufe
core data models of the Open Free Energy ecosystem
Python · 45 star
-
cinnabar
Package for consistent reporting of relative free energy results
Python · 43 star
-
kartograf
This package contains tools for setting up hybrid-topology FE calculations
Python · 39 star
-
alchemiscale
a high-throughput alchemical free energy execution system for use with HPC, cloud, bare metal, and Folding@Home
Python · 36 star
-
konnektor
Algorithms for various Network Layouts and Tooling for planning FE Calculations
Jupyter Notebook · 24 star
-
feflow
Recipes and protocols for molecular free energy calculations using the openmmtools/perses and Open Free Energy toolkits
Python · 20 star
-
openfe_analysis
Structural analysis tools for OpenFE free energy calculations, built on MDAnalysis.
Python · 20 star
-
Python · 13 star
-
openfe-failure-cases
A collection of reproducible openfe protocol failure cases resulting in NaN results.
Python · 5 star
-
pontibus
Experimental OpenFE Protocols for Force Field Evaluation
Python · 5 star
-
openfe-gromacs
Gromacs-based protocols for Open Free Energy
Python · 4 star
-
alchemiscale-fah
protocols and compute service for using alchemiscale with Folding@Home
Python · 3 star
-
HTML · 2 star
-
exorcist
Daemonless campaign-scale simulation orchestration
Python · 2 star
-
Python · 1 star
-
ofe-sphinx-theme
Sphinx theme for Open Free Energy software based on the PyData theme.
SCSS · 1 star
- Còn 2 kho mã nguồn nữa trên Xem trên GitHub
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
OpenFreeEnergy/openfe#2207 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
OpenFreeEnergy/openfe#2206 ·
-
speed up openfe status checking Đang mở
OpenFreeEnergy/openfe#2205 · 1 người được giao ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
OpenFreeEnergy/gufe#838 ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
OpenFreeEnergy/gufe#837 · 1 bình luận · 1 reaction ·
-
build docs with pixi Đang mở
OpenFreeEnergy/openfe#2204 · 1 người được giao ·
-
Documentation Overhaul Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
OpenFreeEnergy/openfe#2203 ·
-
OpenFreeEnergy/openfe#2200 · 2 người được giao ·
-
Độ khó 2/5 Nửa ngày Mức phù hợp với người mới 88/100
OpenFreeEnergy/openfe#2199 · 1 bình luận · 2 người được giao ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
OpenFreeEnergy/openfe#2198 · 2 người được giao ·
-
OpenFreeEnergy/konnektor#276 · 1 reaction · 2 người được giao ·
-
rename fixture names for clarity Đang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
OpenFreeEnergy/gufe#836 · 1 người được giao ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 55/100
OpenFreeEnergy/openfe#2195 · 1 người được giao ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
OpenFreeEnergy/openfe#2194 · 1 người được giao ·
-
Test on openmm-8.6 Đang mở
OpenFreeEnergy/openfe#2193 · 1 người được giao ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
OpenFreeEnergy/openfe#2192 · 3 người được giao ·
-
Structural analysis for ABFEs Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
OpenFreeEnergy/openfe#2191 · 1 người được giao ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
OpenFreeEnergy/openfe#2190 · 2 bình luận · 1 người được giao ·
-
Retrieve MBAR errors, MBAR overlapping matrix and forward-backward analysis values after RBFE runs Đang mở
OpenFreeEnergy/openfe#2187 · 1 bình luận · 1 người được giao ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
OpenFreeEnergy/gufe#835 · 1 bình luận · 1 người được giao ·
-
OpenFreeEnergy/cinnabar#238 · 1 người được giao ·
-
OpenFreeEnergy/konnektor#272 · 1 người được giao ·
-
Provenance for Concatenators Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
OpenFreeEnergy/konnektor#271 ·
-
Issues with how net charge varies with lambda: non-zero partial charges outside of end states. Đang mở
OpenFreeEnergy/openfe#2181 · 1 người được giao ·
-
OpenFreeEnergy/cinnabar#237 · 1 người được giao ·
-
OpenFreeEnergy/kartograf#166 · 3 người được giao ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
OpenFreeEnergy/openfe#2179 ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
OpenFreeEnergy/pontibus#210 ·
-
OpenFreeEnergy/gufe#833 · 1 người được giao ·
-
RTD build is failing Đang mở
OpenFreeEnergy/pontibus#207 · 1 bình luận · 1 người được giao ·
-
OpenFreeEnergy/pontibus#205 · 1 người được giao ·
-
Validation ideas Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
OpenFreeEnergy/openfe-failure-cases#8 · 1 bình luận · 1 reaction · 1 người được giao ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
OpenFreeEnergy/cinnabar#235 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 50/100
OpenFreeEnergy/gufe#828 ·
-
improve Warehouse validation Đang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100
OpenFreeEnergy/openfe#2162 ·
-
OpenFreeEnergy/openfe#2161 · 1 người được giao ·
-
OpenFreeEnergy/openfe#2160 · 1 người được giao ·
-
OpenFreeEnergy/konnektor#266 · 1 reaction · 1 người được giao ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100
OpenFreeEnergy/openfe#2159 · 1 người được giao ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100
OpenFreeEnergy/konnektor#265 ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
OpenFreeEnergy/exorcist#51 ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
OpenFreeEnergy/exorcist#50 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
OpenFreeEnergy/exorcist#49 ·
-
OpenFreeEnergy/openfe#2130 · 9 bình luận · 1 người được giao ·
-
OpenFreeEnergy/openfe#2115 · 2 người được giao ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 15/100
OpenFreeEnergy/openfe#2107 ·
-
SepTop multi-extension suppport Đang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 20/100
OpenFreeEnergy/openfe#2106 ·
-
AFEs multi-extensions support Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
OpenFreeEnergy/openfe#2105 ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
OpenFreeEnergy/openfe#2104 ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
OpenFreeEnergy/openfe#2103 ·
Đang hiển thị 100 mục mới nhất
Trang này chỉ liệt kê những gì được lập chỉ mục gần đây. Bộ lọc nâng cao có toàn bộ kho, thu hẹp theo ngôn ngữ, độ khó và thời lượng.