Create protein sequences including variants from a VCF file
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调研方向
首先查看 VariantAnnotation::predictCoding()、BSgenome 的参考工作流以及链接的 Bioconductor 论坛帖子。定义应如何翻译编码变异（从非同义 SNV 开始），并将其插入参考蛋白质组 FASTA 序列中。当所请求的 proteomeVariantInsertion() 功能生成并保存修改后的 FASTA 输出时，即视为完成。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Dear BiocTeam,
I am investigating the proteome of human cancer samples and want to insert their genetic variations into the reference proteome fasta sequences to increase the sensitivity of my peptide/protein quantification.
Can you implement this "proteomeVariantInsertion()" in the VariantAnnotation package?
The VariantAnnotation::predictCoding() function already translates codons at variant positions from a reference BSgenome object to assess the consequences of a variant. I would like to take all coding variants (or just non-synonymous SNVs for a start) and insert them into the reference proteome, then save the modified fasta file.
See also my post in the Bioconductor forum.
Thanks,
Daniel
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