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Create protein sequences including variants from a VCF file

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Evaluación

Dificultad
5/5
Tiempo estimado
Más de una semana
Aptitud para principiantes
25/100
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
r
Área
bioinformatics

Línea de trabajo

Empieza revisando VariantAnnotation::predictCoding(), el flujo de trabajo de referencia de BSgenome y la publicación enlazada del foro de Bioconductor. Define cómo deben traducirse las variantes codificantes, comenzando por las SNV no sinónimas, e insertarse en las secuencias FASTA del proteoma de referencia. Se considera completado cuando la funcionalidad solicitada de proteomeVariantInsertion() produce y guarda la salida FASTA modificada.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Dear BiocTeam,

I am investigating the proteome of human cancer samples and want to insert their genetic variations into the reference proteome fasta sequences to increase the sensitivity of my peptide/protein quantification.

Can you implement this "proteomeVariantInsertion()" in the VariantAnnotation package?

The VariantAnnotation::predictCoding() function already translates codons at variant positions from a reference BSgenome object to assess the consequences of a variant. I would like to take all coding variants (or just non-synonymous SNVs for a start) and insert them into the reference proteome, then save the modified fasta file.

See also my post in the Bioconductor forum.

Thanks,
Daniel

Lenguaje dominante
R
Estrellas
32
Forks
21
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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