Create protein sequences including variants from a VCF file

オープン

#24 2019年3月8日に作成コメント 3 件リアクション 0 件担当者 0 名 GitHub で見る

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評価

難易度: 5/5
見積もり時間: 1週間以上
初心者へのやさしさ: 25/100

issue の種類: 機能追加
明瞭さ: おおむね明確
活発さ: 停滞
技術スタック: r
領域: bioinformatics

調査の方向性

まず、VariantAnnotation::predictCoding()、BSgenome のリファレンスワークフロー、およびリンク先の Bioconductor フォーラム投稿を確認します。非同義 SNV から始めて、コード領域のバリアントをどのように翻訳し、リファレンスプロテオームの FASTA 配列に挿入するかを定義します。要求された proteomeVariantInsertion() 機能によって変更された FASTA 出力が生成され、保存されれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

Dear BiocTeam,

I am investigating the proteome of human cancer samples and want to insert their genetic variations into the reference proteome fasta sequences to increase the sensitivity of my peptide/protein quantification.

Can you implement this "proteomeVariantInsertion()" in the VariantAnnotation package?

The VariantAnnotation::predictCoding() function already translates codons at variant positions from a reference BSgenome object to assess the consequences of a variant. I would like to take all coding variants (or just non-synonymous SNVs for a start) and insert them into the reference proteome, then save the modified fasta file.

See also my post in the Bioconductor forum.

Thanks,
Daniel

主要言語: R
スター: 32
フォーク: 21
PR マージ指標: 30日以内にマージされた PR はありません

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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