writeVcf Output Causes IGV Errors from htsjdk
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 42/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- r
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Comienza en el punto de entrada writeVcf y reproduce el subconjunto de siete muestras usando la variante reportada chr1:10150. Compara el campo ALT escrito con el original y valida el VCF resultante con htsjdk o IGV; se considera terminado cuando se conserva el asterisco y la salida ya no contiene un alelo vacío.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
I created a subset file with seven samples out of two thousand and saved it to disk. IGV won't open it.
htsjdk.tribble.TribbleException: The provided VCF file is malformed at approximately line number 3428: empty alleles are not permitted in VCF records, for input source
Using head and tail, the variant looks like
$ zcat example.vcf.bgz | head -n 3428 | tail -n 1
chr1 10150 chr1:10150:CTA:CA CTA CA,,TTA 1035.73 PASS
The original file does open successfully in IGV and looks like ($ zgrep 10150 example.vcf.gz | head -n 1)
chr1 10150 chr1:10150:CTA:CA CTA CA,*,TTA 1035.73 PASS
Should the package preserve the asterisks as they are and not blank them like it currently does?
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 32
- Forks
- 21
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Guía de contribución
No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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