writeVcf Output Causes IGV Errors from htsjdk
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- 1-2 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 42/100
- Loại issue
- Lỗi
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- r
- Lĩnh vực
- bioinformatics
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu tại điểm vào writeVcf và tái tạo tập con gồm bảy mẫu bằng cách sử dụng biến thể chr1:10150 đã được báo cáo. So sánh trường ALT được ghi với bản gốc và xác thực VCF thu được bằng htsjdk hoặc IGV; hoàn tất có nghĩa là dấu hoa thị được giữ nguyên và đầu ra không còn chứa một allele rỗng.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
I created a subset file with seven samples out of two thousand and saved it to disk. IGV won't open it.
htsjdk.tribble.TribbleException: The provided VCF file is malformed at approximately line number 3428: empty alleles are not permitted in VCF records, for input source
Using head and tail, the variant looks like
$ zcat example.vcf.bgz | head -n 3428 | tail -n 1
chr1 10150 chr1:10150:CTA:CA CTA CA,,TTA 1035.73 PASS
The original file does open successfully in IGV and looks like ($ zgrep 10150 example.vcf.gz | head -n 1)
chr1 10150 chr1:10150:CTA:CA CTA CA,*,TTA 1035.73 PASS
Should the package preserve the asterisks as they are and not blank them like it currently does?
- Ngôn ngữ chính
- R
- Star
- 32
- Fork
- 21
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của Bioconductor/VariantAnnotation
-
refactor the package Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
Bioconductor/VariantAnnotation#115 · 4 bình luận ·
-
Bioconductor/VariantAnnotation#114 · 1 reaction · 2 người được giao ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
Bioconductor/VariantAnnotation#113 · 2 bình luận ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
-
ensemblVEP::parseCSQToGRanges Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100
Bioconductor/VariantAnnotation#88 · 2 bình luận ·
Tất cả issue của Bioconductor/VariantAnnotation
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
briandconnelly/airnow#9 ·
-
Copy cohorts to keep old cohorts Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
OHDSI/CohortConstructor#774 ·
-
pre-review R TeX Track: 5 (DSAIS)
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 60/100
openjournals/joss-reviews#11330 · 7 bình luận ·
-
Release autosync 0.1.1 Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100