merging VCF objects
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評估
- 難度
- 5/5
- 預估耗時
- 一週以上
- 新手友好度
- 25/100
- Issue 類型
- 功能
- 描述清晰度
- 基本清楚
- 活躍度
- 停滯
- 技術堆疊
- r
研究方向
首先檢視 VCF 物件與 VRanges 的強制轉換如何表示 variants、samples、rowData()、colData()、info() 與 geno()。將提議的 c() 工作流程與目前 bcftools 的行為進行比較，尤其要關注不同及重疊的 variants 與 samples。完成的標準是：定義一個 merge 工具，保留所述的中繼資料區別，並將不相符的 assay 值填入 NA。
由索引模型根據 Issue 內容生成。
描述
It would be nice to have an efficient utility to merge two VCF objects that have differing (but often overlapping) sets of variants and samples. I guess the assay matrices would be filled with NAs. Maybe assume that the rowData() and colData() have the same columns, for now. Also assume that only the ranges and alt need to match (like VRanges matching). Currently we are using bcftools for this, but it would be nice to move to a more integrated workflow.
I guess a simple implementation would be to coerce the two (or more) VCF objects to VRanges objects, c() them together and then coerce back to VCF, preserving the info() and geno() distinction.
- 主要語言
- R
- 星號
- 32
- 分支
- 21
- PR 合併指標
- 30 天內沒有已合併 PR
環境準備
這個專案沒有提供開發容器、Dockerfile 或貢獻指南，環境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步驟見我們的新手貢獻指南。
從這裡開始
- 先讀完整個 Issue，再讀專案的貢獻指南。
- 在 Issue 下留言說明你要接手 —— 這能避免兩個人做同樣的事。
- Fork 儲存庫，在一個分支上完成修改。
- 送出 Pull Request，並在描述裡引用這個 Issue 編號。
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