merging VCF objects

オープン

#3 2018年1月23日に作成コメント 9 件リアクション 2 件担当者 0 名 GitHub で見る

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評価

難易度: 5/5
見積もり時間: 1週間以上
初心者へのやさしさ: 25/100

issue の種類: 機能追加
明瞭さ: おおむね明確
活発さ: 停滞
技術スタック: r
領域: bioinformatics

調査の方向性

まず、VCF オブジェクトと VRanges の型強制が、variant、sample、rowData()、colData()、info()、geno() をどのように表現するかを確認します。提案されている c() ワークフローを現在の bcftools の動作と比較します。特に、異なる variant と sample、および重複する variant と sample について比較します。定義された merge ユーティリティが指定されたメタデータの区別を保持し、一致しない assay 値を NA で埋めれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

It would be nice to have an efficient utility to merge two VCF objects that have differing (but often overlapping) sets of variants and samples. I guess the assay matrices would be filled with NAs. Maybe assume that the rowData() and colData() have the same columns, for now. Also assume that only the ranges and alt need to match (like VRanges matching). Currently we are using bcftools for this, but it would be nice to move to a more integrated workflow.

I guess a simple implementation would be to coerce the two (or more) VCF objects to VRanges objects, c() them together and then coerce back to VCF, preserving the info() and geno() distinction.

主要言語: R
スター: 32
フォーク: 21
PR マージ指標: 30日以内にマージされた PR はありません

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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