merging VCF objects
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 5/5
- Thời gian dự kiến
- Hơn một tuần
- Mức phù hợp với người mới
- 25/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- r
- Lĩnh vực
- bioinformatics
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng việc xem xét cách các phép coercion của đối tượng VCF và VRanges biểu diễn các biến thể, mẫu, rowData(), colData(), info() và geno(). So sánh workflow c() được đề xuất với hành vi hiện tại của bcftools, đặc biệt đối với các biến thể và mẫu khác nhau cũng như chồng lấp. Hoàn tất khi một tiện ích merge được định nghĩa bảo toàn các phân biệt siêu dữ liệu đã nêu và điền NA vào các giá trị assay không khớp.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
It would be nice to have an efficient utility to merge two VCF objects that have differing (but often overlapping) sets of variants and samples. I guess the assay matrices would be filled with NAs. Maybe assume that the rowData() and colData() have the same columns, for now. Also assume that only the ranges and alt need to match (like VRanges matching). Currently we are using bcftools for this, but it would be nice to move to a more integrated workflow.
I guess a simple implementation would be to coerce the two (or more) VCF objects to VRanges objects, c() them together and then coerce back to VCF, preserving the info() and geno() distinction.
- Ngôn ngữ chính
- R
- Star
- 32
- Fork
- 21
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của Bioconductor/VariantAnnotation
-
refactor the package Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
Bioconductor/VariantAnnotation#115 · 4 bình luận ·
-
Bioconductor/VariantAnnotation#114 · 1 reaction · 2 người được giao ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
Bioconductor/VariantAnnotation#113 · 2 bình luận ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
-
ensemblVEP::parseCSQToGRanges Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100
Bioconductor/VariantAnnotation#88 · 2 bình luận ·
Tất cả issue của Bioconductor/VariantAnnotation
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
briandconnelly/airnow#9 ·
-
Copy cohorts to keep old cohorts Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
OHDSI/CohortConstructor#774 ·
-
pre-review R TeX Track: 5 (DSAIS)
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 60/100
openjournals/joss-reviews#11330 · 7 bình luận ·
-
Release autosync 0.1.1 Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100