Can I read in a VCF "file" as a character string?
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- r
- Lĩnh vực
- bioinformatics
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu từ điểm vào readVCF và kiểm tra cách nó tiếp nhận tên tệp cũng như tạo một đối tượng CollapsedVCF. Hoàn thành khi có thể truyền trực tiếp một chuỗi VCF mà không cần tạo tệp tạm, kể cả với đầu vào lớn; trước tiên hãy kiểm tra hành vi hiện có của readVCF và các bài kiểm thử liên quan.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
First off, thanks for an excellent tool.
This is a bit of a niche issue, but I was wondering is it possible to pass readVCF a character string instead of a filename?
I have a database in which VCF files have been inserted as a blob variable. My current implementation:
- Reads the VCF character string from the database
- Writes it to a tempfile
- Passes the tempfile to readVCF to create a CollapsedVCF object
- Deletes the temp file
For the most part, this isn't too much of a performance hit, but I have some 100+ mb VCF files in which the file i/o takes longer than I would like. If I could go directly from character string to CollapsedVCF it would be much more efficient.
- Ngôn ngữ chính
- R
- Star
- 32
- Fork
- 21
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của Bioconductor/VariantAnnotation
-
refactor the package Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
Bioconductor/VariantAnnotation#115 · 4 bình luận ·
-
Bioconductor/VariantAnnotation#114 · 1 reaction · 2 người được giao ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
Bioconductor/VariantAnnotation#113 · 2 bình luận ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
-
ensemblVEP::parseCSQToGRanges Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100
Bioconductor/VariantAnnotation#88 · 2 bình luận ·
Tất cả issue của Bioconductor/VariantAnnotation
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
briandconnelly/airnow#9 ·
-
Copy cohorts to keep old cohorts Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
OHDSI/CohortConstructor#774 ·
-
pre-review R TeX Track: 5 (DSAIS)
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 60/100
openjournals/joss-reviews#11330 · 7 bình luận ·
-
Release autosync 0.1.1 Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100