Can I read in a VCF "file" as a character string?

オープン

#28 2019年4月15日に作成コメント 1 件リアクション 0 件担当者 0 名 GitHub で見る

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評価

難易度: 4/5
見積もり時間: 3〜5日
初心者へのやさしさ: 35/100

issue の種類: 機能追加
明瞭さ: おおむね明確
活発さ: 停滞
技術スタック: r
領域: bioinformatics

調査の方向性

readVCF のエントリポイントから始め、ファイル名をどのように受け取り、CollapsedVCF オブジェクトを構築しているかを確認します。大きな入力の場合も含め、一時ファイルを作成せずに VCF 文字列を直接渡せるようになれば完了です。まず既存の readVCF の動作と関連するテストを確認してください。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

First off, thanks for an excellent tool.

This is a bit of a niche issue, but I was wondering is it possible to pass readVCF a character string instead of a filename?

I have a database in which VCF files have been inserted as a blob variable. My current implementation:

Reads the VCF character string from the database
Writes it to a tempfile
Passes the tempfile to readVCF to create a CollapsedVCF object
Deletes the temp file

For the most part, this isn't too much of a performance hit, but I have some 100+ mb VCF files in which the file i/o takes longer than I would like. If I could go directly from character string to CollapsedVCF it would be much more efficient.

主要言語: R
スター: 32
フォーク: 21
PR マージ指標: 30日以内にマージされた PR はありません

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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