Can I read in a VCF "file" as a character string?
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- r
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Comienza en el punto de entrada readVCF e inspecciona cómo acepta nombres de archivo y construye un objeto CollapsedVCF. La tarea estará completada cuando se pueda pasar directamente una cadena VCF sin crear un archivo temporal, también para entradas grandes; comprueba primero el comportamiento existente de readVCF y las pruebas relevantes.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
First off, thanks for an excellent tool.
This is a bit of a niche issue, but I was wondering is it possible to pass readVCF a character string instead of a filename?
I have a database in which VCF files have been inserted as a blob variable. My current implementation:
- Reads the VCF character string from the database
- Writes it to a tempfile
- Passes the tempfile to readVCF to create a CollapsedVCF object
- Deletes the temp file
For the most part, this isn't too much of a performance hit, but I have some 100+ mb VCF files in which the file i/o takes longer than I would like. If I could go directly from character string to CollapsedVCF it would be much more efficient.
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 32
- Forks
- 21
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Guía de contribución
No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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