PEtab-dev/libpetab-python

可能已有人在做的 issue 排在最后。 全部按时间排序

• `petab_files_1to2` keeps a stale model file when converting into a non-empty output directory

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  PEtab-dev/libpetab-python#566 · 2026年10月21日 创建

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• v2: Update parameter table validation for PEtab 2.0 erratum E1 (infinite bounds)

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  难度 4/5 3-5 天 新手友好度 55/100

  PEtab-dev/libpetab-python#565 · 2026年10月21日 创建

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• v2: linter doesn't check that placeholder IDs are unique

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  PEtab-dev/libpetab-python#555 · 2026年10月15日 创建

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• `sympify_petab` returns `Integer` for Python/numpy integers, but `Float` for numeric strings

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  PEtab-dev/libpetab-python#553 · 2026年10月15日 创建

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• `petab_math_str` writes `nan` and `zoo`, which are not valid PEtab

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  PEtab-dev/libpetab-python#549 · 2026年10月15日 创建

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• v2: writing a problem reformats all math expressions, including unchanged ones

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  PEtab-dev/libpetab-python#548 · 1 条评论 · 2026年10月15日 创建

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• `ExperimentsToSbmlConverter`: "no priority set" warning is unreachable

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  PEtab-dev/libpetab-python#525 · 2026年9月30日 创建

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• An estimated parameter is silently dropped from the simulation mapping when the model cannot give it a value

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  PEtab-dev/libpetab-python#522 · 2026年9月22日 创建

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• Condition-table override referencing a parameter with a non-numeric InitialAssignment crashes with an opaque KeyError

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  PEtab-dev/libpetab-python#519 · 2026年9月21日 创建

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• Improve model abstractions

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  PEtab-dev/libpetab-python#518 · 2026年9月7日 创建

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• Mapping table contributions to parameter table validation (SciML use case)

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  v2 validation

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  PEtab-dev/libpetab-python#494 · 1 条评论 · 2026年6月26日 创建

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• Support for discrete noise distributions

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  PEtab-dev/libpetab-python#466 · 2025年12月3日 创建

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• Add CLI for petab v1->v2 conversion

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  enhancement

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  PEtab-dev/libpetab-python#453 · 2025年10月29日 创建

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• Add goodness-of-fit and residual plots to visualization examples

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  documentation

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  PEtab-dev/libpetab-python#439 · 2025年9月19日 创建

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• API for renaming PEtab entities

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  enhancement

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  PEtab-dev/libpetab-python#438 · 2025年9月19日 创建

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• Remove `v2.Problem.*_df`

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  PEtab-dev/libpetab-python#409 · 2025年7月21日 创建

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• v2: Visualization functions

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  PEtab-dev/libpetab-python#398 · 2025年7月2日 创建

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• Document release process

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  documentation

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  PEtab-dev/libpetab-python#396 · 2025年7月2日 创建

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• v2: Update validator

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  PEtab-dev/libpetab-python#369 · 2025年3月28日 创建

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• antlr runtime version

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  PEtab-dev/libpetab-python#344 · 4 条评论 · 2024年12月18日 创建

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• `flatten_timepoint_specific_output_overrides` should not do anything if there are no timepoint-specific output parameters

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  PEtab-dev/libpetab-python#314 · 2024年10月17日 创建

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• Add functionality for computing posteriors

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  PEtab-dev/libpetab-python#312 · 2 个 reaction · 2024年10月15日 创建

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• Refactor priors

  可能重新可做 @dweindl 于 743 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭

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  PEtab-dev/libpetab-python#311 · 2 个 reaction · 已指派 1 人 · 2024年10月15日 创建

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• Feature to automate handling of replicate data

  可能重新可做 @dilpath 于 751 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭

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  PEtab-dev/libpetab-python#310 · 1 条评论 · 已指派 1 人 · 2024年10月8日 创建

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• PEtab Simulator update_parameters

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  enhancement

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  PEtab-dev/libpetab-python#305 · 2 个 reaction · 2024年8月15日 创建

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• Replace individual dataframe arguments by Problem objects

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  PEtab-dev/libpetab-python#301 · 1 个 reaction · 2024年7月2日 创建

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• v2 validation: atomize checks

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  PEtab-dev/libpetab-python#289 · 1 个 reaction · 2024年6月29日 创建

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• Integration of extensions

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  PEtab-dev/libpetab-python#273 · 2 条评论 · 2024年6月25日 创建

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• composite problem

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  PEtab-dev/libpetab-python#265 · 4 条评论 · 2024年6月2日 创建

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• Wrong plot_goodness_of_fit if different order of rows in measurement_df and simulation_df

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  bug visualization

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  PEtab-dev/libpetab-python#247 · 1 条评论 · 2 个 reaction · 2024年2月27日 创建

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• Improve error handling in Problem.from_yaml - format_version

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  v1 validation

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  PEtab-dev/libpetab-python#217 · 2023年7月25日 创建

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• Validator: Add option to warn about unused / non-standard columns

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  enhancement v1 validation

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  PEtab-dev/libpetab-python#128 · 2022年4月22日 创建

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• Python API for linter

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  enhancement v1

  难度 3/5 1-2 天 新手友好度 35/100

  PEtab-dev/libpetab-python#35 · 2 条评论 · 2021年2月16日 创建

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• False positive invalid condition ID.

  可能重新可做 @dilpath 于 2179 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭

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  PEtab-dev/libpetab-python#366 · 6 条评论 · 已指派 1 人 · 2020年10月20日 创建

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• single objectivePriorParameters are cast to numpy.float64

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  PEtab-dev/libpetab-python#27 · 7 条评论 · 2020年8月27日 创建

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• writer functions do not perform sanity checks + use misleading options for writing tsv

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  PEtab-dev/libpetab-python#26 · 11 条评论 · 2020年8月24日 创建

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• Should unspecified optional strings be the empty string or NaN?

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  question v1

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  PEtab-dev/libpetab-python#25 · 4 条评论 · 2020年6月18日 创建

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• Visualization of measurements without condition table and visualization table

  可能重新可做 @plakrisenko 于 1634 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭

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  v1 visualization

  PEtab-dev/libpetab-python#22 · 已指派 1 人 · 2020年5月13日 创建

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• Visualization: if column 'XValues' not provided and multiple conditions should be plotted automatically

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  PEtab-dev/libpetab-python#21 · 2 条评论 · 2020年4月21日 创建

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• consistent coloring of legend entries across plots

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  v1 visualization

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  PEtab-dev/libpetab-python#18 · 1 条评论 · 2020年2月21日 创建

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• xOffset for logscale xValues

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  question v1 visualization

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  PEtab-dev/libpetab-python#17 · 1 条评论 · 2020年2月21日 创建

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• BarPlots ignore xValues

  可能重新可做 @plakrisenko 于 1635 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭

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  v1 visualization

  PEtab-dev/libpetab-python#16 · 6 条评论 · 已指派 2 人 · 2020年2月21日 创建

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• Parallelize plotting for large amounts of subplots (saved to files)

  可能重新可做 @MerktSimon 于 2470 天前认领，目前没有进行中的 PR。 未关闭

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  v1 visualization

  PEtab-dev/libpetab-python#11 · 1 个 reaction · 已指派 1 人 · 2020年1月24日 创建

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• Implement validation CompositeProblem

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  PEtab-dev/libpetab-python#9 · 2019年12月16日 创建

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• Add function to create joint parameter table from multiple models and measurement files

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  PEtab-dev/libpetab-python#5 · 1 条评论 · 2019年12月16日 创建

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• Add: Allow plotting by observableID & simCondID at the same time

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  PEtab-dev/libpetab-python#4 · 2019年9月30日 创建

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• add: plotting STD if the column noiseParameter has values and no replicates available

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  visualization

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  PEtab-dev/libpetab-python#3 · 1 条评论 · 2019年8月20日 创建

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• add case in visualization routine: in measurementData file, if same simulationConditionId, but differing preequilibrationId etc.

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  visualization

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  PEtab-dev/libpetab-python#2 · 2019年7月5日 创建

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• `ExperimentsToSbmlConverter`: assign a safe default event priority automatically where possible

  可能已有人在做 @dweindl 于 10 天前认领。 未关闭

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  PEtab-dev/libpetab-python#526 · 1 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年9月30日 创建

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• Validator does not check for required column `noiseFormula` in observables table

  可能已有人在做 @dweindl 于 583 天前认领。 未关闭

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  validation

  PEtab-dev/libpetab-python#219 · 已指派 1 人 · 2023年7月25日 创建

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